Biokanga Suite d'applications de bioinformatique haute performance
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Biokanga Classement & Résumé

Biokanga Mots clés

Analytique séquence bioinformatique

Biokanga La description

Biokanga est une collection d'applications de bioinformatique haute performance visant les défis des analyses de séquençage de la prochaine génération. Kanga est un acronyme debout pour "Aligner de la prochaine génération d'adéquation" K-MER »et est la principale application. BIOKANGA est un aligneur très efficace de lecture court qui incorpore une compréhension de la séquence d'une séquence d'unicité de séquence dans un génome cible pour permettre un alignement robuste des jeux de données courts de lecture de séquenceurs de prochaine génération dans l'espace de courant (ABI Solid) ou Basespace (Illumina). Par rapport à d'autres aligneurs largement utilisés, Biokanga fournit des gains substantiels dans la proportion et la qualité des lectures de séquence alignées à une efficacité informatique compétitive ou accrue. Contrairement à la plupart des autres aligneurs, Biokanga utilise les distances de frappe entre les alignements postatifs à l'assemblage de génome ciblé pour tout être donné en tant que critères d'acceptation discriminante plutôt que de compter sur des scores de qualité source de séquenceurs. Kangadna est la principale composante d'une boîte à outils supplémentaire de deux parties ciblée vers l'assemblage de NVO de NGS Short Read Datasets. La composante secondaire, Kangahrdx (K-MER Adaptive Adaptive Sulici Gen Aligner Homozygosity) est principalement destinée à la transcriptomique de l'ARN-SEQ, dans lequel les isoformes de transcription se traduisent par de nombreux conttigations assemblées de partage des régions de partage des identiques très probablement constitutifs. Composants de l'outils d'outils: Kangax Utilisé pour générer une base de données extrêmement optimisée de la recherche d'arrache de suffixe contenant l'assemblage du génome de référence sur lequel les jeux de données de lecture courts NG doivent être alignés ultérieurement. Kangar Il s'agit du composant facultatif, qui peut être utilisé pour pré-traiter les jeux de données de lecture courts NG dans un format optimisé pour un chargement rapide et efficace par l'aligneur de Kanga. Kanga Kanga est le composant d'aligneur. Ses entrées majeures sont la base de données de référence du génome de référence générées par Kangax, ainsi que par un jeu de données prétraitée Kangar ou des fichiers de lecture RAW FASTA / FASTQ. La production principale de Kanga est l'alignement de l'un des formats de sortie sélectionnés par l'utilisateur sélectionné. Kangadna Kangadna est une assemblée multiphase gourmande de Novo avec l'objectif primordial consistant à fournir des contigmises de qualité de confiance plus élevées, même si cette qualité est gagnée au coût de la couverture réduite et / ou des mesures conventionnelles de contig NXX. Kangadna assemble Nativement de la base ou de l'espace de courant (solide). kangahrdx Kangahrdx traitera des séquences de contig et identifiera les régions inter-contiganiques homozygotiques. Les régions identifiées seront supprimées de tout sauf la plus longue contig, entraînant des contigutions plus hétrozygotiques. Cela peut aider à l'analyse de Novo RNA-SEQ transcriptome ou à l'assemblage de génomes polyploïques de Novo. En règle générale, Kangahrdx sera exécutée sur les contiguations générées par Kangadna ou un autre assembleur, la seule restriction significative étant que l'entrée doit être de la base et non de l'espace de courant.

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