AsaturesDémontrer saturation dans des séquences de nucléotides | |
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Asatures Classement & Résumé
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- Licence:
- Freeware
- Nom de l'éditeur:
- Bioinformatics & Systems Biology
- Systèmes d'exploitation:
- Windows All
- Taille du fichier:
- 180 KB
Asatures Mots clés
- séquence Effet de saturation Saturation de la vanne Saturation Shaper Shaper algorithme de saturation saturation de bande Simulation de saturation saturation noir Ajusteur de saturation ajuster la saturation changer la saturation corriger la saturation changement de saturation conditionnelle Saturation Photoshop Générateur de planète 3D proportion de nucléotides mutation Piste de saturation séquence nucléotidique Directeur de la séquence nucléotidique nucléotide saturation du transformateur Simulateur de saturation saturation analogique modifier la saturation modificateur de saturation saturation correcte Modèle de substitution nucléotide motif de nucléotide démontrer Substitution de nucléotide annotation nucléotidique alignements de nucléotide polymorphismes nucléotides mutation nucléotidique fraction nucléotidique Screensaver aux îles du Pacifique Antivirus gratuit Java Fichier Codec FLV SWF à FLA comment lire chaque Lite Doodle saut 1.8.2 Yahoo Video Roxxana Pilote de vérification versa Logiciel BlackBerry 1800 Karaoke Song CDG
Asatures La description
La façon habituelle de démontrer saturation dans des séquences nucléotidiques consiste à tracer la fraction des différences entre séquences contre la distance évolutive de les séparer. Lorsque le nombre de différences observées, par exemple pour la fraction des positions de codon troisième, n'augmente plus la distance évolutive croissante, la séquence est dit être saturée. La même technique peut être appliquée aux séquences d'acides aminés (AA). Nous avons développé une application Java appelée Asatutua qui discrimait les substitutions AA avec des probabilités d'occurrence élevées et basses. Tous les remplacements AA sont définis soit «fréquents», soit «rare» en fonction de leurs probabilités de mutation, qui sont déduites des matrices de probabilité de substitution, telles que le puits et le blostum bien connus. Ces 20 matrices de 20 sur 20 fournissent les probabilités dérivées de manière empirique d'un AA étant remplacée par une autre lorsque des séquences ont divergé sur une certaine distance évolutive. L'application Asatura triera toutes les substitutions en fonction de ces probabilités et une valeur de «coupure» de probabilité peut être choisie qui différencie entre les substitutions fréquentes et rares. Pour chaque paire de séquences, le programme parcourt le nombre de remplaçants fréquents et rares observés contre leur distance évolutive. En modifiant la probabilité de substitution de la valeur «Cut-off», le nombre de substitutions AA classées comme fréquentes ou rares peuvent être modifiées. Idéalement, une sélection minutieuse de la valeur «Cut-off» divise les données d'origine définies dans une saturée et insaturée. Outre les matrices de probabilité de substitution les plus largement utilisées, telles que PAM, Blostum, MTRev24 et JTT, des matrices définies par l'utilisateur peuvent également être utilisées.
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