Path-O-Gen a été développé pour être un outil permettant d'enquêter sur le signal temporel et «clocklipité» de phylogénie moléculaire. Il peut lire et analyser les arbres contemporains (où toutes les séquences ont été collectées en même temps) et des arbres-pointes (où des séquences ont été collectées à différentes dates). Il est conçu pour analyser les arbres qui n'ont pas été déduits sous une hypothèse de la moléculaire pour voir à quel point cette hypothèse peut être valide. Il peut également raconter l'arbre à la position susceptible d'être le plus compatible avec l'hypothèse de l'horloge moléculaire.
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