Bioimagexd Logiciel open source gratuit pour analyse et visualisation d'images biomédicales multidimensionnelles
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Logiciel Open Source gratuit pour analyse et visualisation d'images biomédicales multidimensionnelles BIOIMAGEXD est un logiciel open source gratuit qui vous aidera à analyser, à traiter et à rendre des données multidimensionnelles, multi-données, des données d'image de la série chronologique de la microscopie et d'autres sources. Voici quelques caractéristiques essentielles de "BIOIMAGEXD": Vue d'image: Ouvrez des données dans des formats de microscopie commune (ou des images ou des piles d'images et de séries chronologiques) et affichez l'image de données par image. Les formats de données pris en charge incluent: · Fichiers de Carl Zeiss .LSM · Olympusfv1000 .OIF · Les fichiers de données de microscope de Leica confocal SP2 .TXT et SP5 .LIF · Importation de piles d'images numérotées · Fichiers d'image XML VTK · La visualisation de l'image est approximativement comparable à la Zeiss gratuite de Carl Zeiss et d'autres spectateurs d'images du fabricant confocal, mais avec un meilleur rendu 3D. Les modes d'affichage avaïnbles sont: tranches, sections orthographiques, projection d'intensité maximale et rendu 3D. Les données de la série chronologique sont prises en charge. Traitement d'image: · Ajustez la couleur / la luminosité / contraste / gamma, modifier la couleur ou la palette d'un jeu de données / canal, de filtrer le bruit, correct pour le blanchiment de fluorescence dans les données de la série TIME. · Segmentation 3D et objet ananlysis. Rendu volume 3D: · Les ensembles de données 3D peuvent être du volume de manière interactive rendu, en utilisant · Casting de rayons logiciels (plus lent mais plus joli. Acelléra d'avoir de nombreux processeurs) · Cartographie de la carte graphique OpenGL Graphics (plus rapide mais la résolution inférieure - selon la texture Taille de la région) · TeraRecon Inc. VolumeProgramme de moulage de rayonnage de rayonnage (soutien dans le développement) · Les fonctions de transfert de couleur et d'opacité sont entièrement définies par l'utilisateur. Vous pouvez voler le volume Render un jeu de données RVB Multi Channel fusionné pour voir la colocalisation en 3D ou rendre une carte de colocalisation 3D. BIOIMAGEXD utilise l'interface VTK avec OpenGL. Nous prévoyons d'activer la visualisation stéréo matérielle (quadruple en tamponnage à la page tamponnée et anaglyphe rouge rouge et autres modes). Vous pourrez séjourner ces lunettes 3D et vraiment "voir" vos données! C'est l'avenir de la microscopie 3D. Fournisseur de film: · Utilisez le module d'animateur pour configurer un chemin de caméra autour de vos données 3D et effectuez un film de filer à filer et à vous déplacer, mais à zoomer comme vous le souhaitez. Les données de la série chronologique sont prises en charge: "Données 4D". · Analyse de la colocalisation · Nous savons que tous vos biologistes cellulaires à l'aide de la microscopie confocale sont toujours à la recherche de la colocalisation! Notre outil de colocalisation vous permet d'analyser la colocalisation de l'intensité du signal dans un ensemble de données multi-canaux 3D, en évitant le problème de la fausse colocalisation observée dans des images de projection Z-Stack et effectuez des analyses statistiques qui vous donnent des nombres difficiles sur la quantité et la qualité de colocalisation dans vos données. Utilise des algorithmes similaires à ceux de Imagej, par exemple le plug-in WCIF pour les seuils de colocalisation automatique, en utilisant la méthode des coûts et al. · Coefficients des mandants et analyse de signification statistique, avec l'histogramme 2D / ScatterPlot et les résultats de la statistique des résultats

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