TIGE Estimation des arbres de l'espèce utilisant une probabilité maximale
Télécharger maintenant

TIGE Classement & Résumé

TIGE Mots clés

Analyse Estimation du coût estimation Estimation du temps Estimation de mouvement maximum Estimation CFF3 espèce gène espèces d'oiseaux Estimation logicielle estimation des paramètres Estimation de la disparité Espèce de cétacée créer des espèces générer des espèces Estimation du FDR Estimation des haplotypes arbre d'espèce moniteur d'espèces estimation de la performance Créateur d'estimation Estimation de l'osmose vraisemblance hiérarchique Estimation de l'arborescence phylogénétique Estimation des paramètres de modèle Grande estimation de la phylogénie Grande estimation de phylogénies Longueur de la branche arbre génique Estimation des arbres Allèle maximum de vraisemblance Estimation des conduits Estimation d'effort estimation d'impression linkdepth maximale

TIGE La description

La tige a été développée pour être un programme permettant d'inférer des arbres d'espèces de vraisemblance maximum d'une collection d'arbres de gènes estimés sous le modèle Coalescent. Le programme renvoie l'arborescence ML exacte, calculera la probabilité d'un arborescence spécifié par l'utilisateur ou rechercher un ensemble d'arbres de vraisemblance les plus élevés. Le procédé de recherche de l'espace des arbres est un algorithme de recuit simulé. La tige nécessite plusieurs fichiers entrées. Le premier de ceux-ci est le fichier qui donne l'information Pour les arbres génique, qui doivent s'appeler Genetrees.tre. Ce fichier contient les arbres génique avec des longueurs de branche au format Newick. Les gènes doivent être enracinés et doivent satisfaire l'horloge moléculaire, bien que le programme ne fonctionne pas pour cela (vous aurez probablement une erreur ou il fonctionnera indéfiniment si ce n'est pas le cas). Directement devant chaque arbre génétique est un nombre entre crochets qui donne le multiplicateur de tarif pour chaque gène.

TIGE Logiciels associés