Palourdes Classifiez vos séquences avec cet outil.
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Palourdes Classement & Résumé

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Palourdes La description

Clams est une application pratique spécialement conçue pour vous offrir un classificateur de composition de séquence pour les séquences métagénomiques. Clams fonctionne en capturant des signatures de chaque séquence basée sur la composition de séquence. Chaque séquence est modélisée comme une promenade dans un graphique de Bruijn avec des propriétés de chaîne Markov sous-jacentes. Les palourdes captulent des paramètres stationnaires de la chaîne marquée sous-jacente ainsi que des paramètres structurels du graphique sous-jacent de Bruijn pour former cette signature. En pratique, pour chaque séquence à binned, une telle signature est calculée et adaptée à des signatures similaires calculées pour les ensembles de formation. Le meilleur match qui qualifie également les victoires de coupure de distance normalisée. Dans le cas où la meilleure correspondance ne qualifie pas cette coupure, la séquence reste non binifiée.

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