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La Musite est une application basée sur Java facile à utiliser, conçue pour offrir un outil de bioinformatique pour prédire les sites de phosphorylation de protéines généraux et spécifiques à la kinase. Caractéristiques principales: Pour remédier aux différentes limites des outils actuels lors de la demande de protéomes et de mieux utiliser la grande ampleur de sites de phosphorylation vérifiés expérimentalement, nous avons développé un système d'application autonome unique, spécialement conçu pour une prédiction à grande échelle des deux généralités et des sites de phosphorylation spécifiques à la kinase. Musite a utilisé des schémas de similarité de séquence locaux (scores KNN) et des caractéristiques génériques (scores de désordre et fréquences d'acides aminés) de sites de phosphorylation et utilisait une approche complète d'apprentissage de la machine pour faire des prédictions. Nous avons confirmé la conclusion antérieure que les sites de phosphorylation sont préférentiellement situés dans des régions désordonnées sur les données phosphoprotéomiques dans six organismes. Musite est le premier outil qui fournit une utilité pour former un modèle de prédiction de site de phosphorylation à partir de données des utilisateurs et prend en charge le réglage continu des niveaux de stringence. Musite fournit une interface utilisateur graphique conviviale, ce qui facilite la tâche des biologistes d'effectuer des prédictions de manière automatisée. Les applications de la musée sur six protéomes ont cédé des dizaines de milliers de sites de phosphorylation putative à forte stringence. Ces prévisions fournissent des hypothèses utiles pour les validations expérimentales. Les tests de validation croisée montrent que la musée surpasse de manière significative des outils existants pour prédire des sites de phosphorylation générale et est au moins comparable à ceux destiné à prédire des sites phosphorylates spécifiques à la kinase. En outre, en tant que logiciel open-source, la Musite peut également être servi de plate-forme ouverte pour la création d'applications d'apprentissage de la machine à la prédiction de site phosphorylation.

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