Hapmixmap HAPMIXMAP est un programme de modélisation de haplotypes étendus dans des études d'association génétique
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Hapmixmap Mots clés

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Hapmixmap La description

Vous pouvez utiliser HAPMIXMAP pour tester facilement tous les gènes de candidats à la location dans lequel Tag SNPS ont été saisis dans des cas et des contrôles HAPMIXMAP est un programme de modélisation de haplotypes étendus dans les études d'associations génétiques. Il est principalement destiné à modéliser les haplotypes HAPMAP à l'aide des données de génotype SNP Tag SNP. HAPMIXMAP est un programme de modélisation de haplotypes étendus dans des études d'associations génétiques, similaires au programme de la Fastphase développé par Scheet et Stephens (2006). Le programme modélise des données génotypes non imphisées sur des personnes non liées et correspond à un modèle dans lequel le déséquilibre de liaison est généré par des processus d'arrivée indépendants de Poisson d'arrivée correspondant à K des états haplotypes modaux. Cela correspond à l'observation que typiquement 2-4 haplotypes courants représentent la majeure partie de la diversité allélique de tout bloc haplotype et que les haplotypes plus rares sont généralement de légères variantes de ces haplotypes modaux. La structure en forme de bloc des haplotypes dans le génome, correspondant aux points chauds de recombinaison ancestrale, est modélisé en permettant au taux d'arrivée de varier dans l'ensemble du génome. Ce modèle est similaire à celui utilisé dans AdmixMap pour modéliser un mélange entre populations et la majeure partie du code de HAPMIXMAP est dérivé de AdmixMap. Le programme génère la distribution postérieure des haplotypes sur chaque chromosome, compte tenu des données de génotype non imphérent observées. Les tests de scores d'association avec une variable de résultat sont construits en moyenne sur cette distribution postérieure. Pour une variable de résultat binaire (comme dans une étude de cas-contrôle), le programme correspond à un modèle de régression logistique. Pour un trait quantitatif, le programme correspond à un modèle de régression linéaire et pour les données de survie-temps, le programme correspond à un modèle de régression de la COX. Le programme est destiné à être utilisé avec HAPMAP Genotype Data: Un jeu de données est disponible pour un panneau de 60 personnes non liées dans chacun des trois groupes continentaux. Ces données génotypes peuvent être combinées à des données de génotype sur les personnes à l'étude (généralement une collection de contrôle de cas) sur un sous-ensemble de l'HAPMAP LOCI. Habituellement, ce sous-ensemble de HAPMAP LOCI sera TAG SNPS tels que ceux sur les tableaux d'affamétrix ou d'illumina). Le programme modélise ensuite la structure haplotype de la population, en utilisant des données du panneau HAPMAP et des personnes à l'étude, et génère la distribution postérieure des génotypes dans tous les locs HAPMAP non ancrés chez les personnes à l'étude. À l'aide de HAPMIXMAP, toute étude d'association génétique utilisant un panneau de balises SNPS peut être analysée comme si tous les locuins dans le HAPMAP avaient été saisis. Le test de score pour l'association permet correctement à l'incertitude dans l'inférence des génotypes à la localisation non typée. Il cède également, en tant que sous-produit, une mesure de l'efficacité de la conception de l'étude dans le test de chaque locus, par rapport à une étude dans laquelle le locus est saisi directement). Ceci est le rapport observé pour compléter des informations dans le test de partition. Cela peut être utilisé pour évaluer l'adéquation d'un panneau SNP de balise et de décider si un génotypage supplémentaire de LOCI non typés est susceptible de produire des informations supplémentaires. HAPMIXMAP nécessite que R soit installé sur votre ordinateur. R est un programme d'analyse statistique libre

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