pknotsrg Utilitaire de correspondance pliante et thermodynamique d'ARN.
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pknotsrg Classement & Résumé

pknotsrg Mots clés

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pknotsrg La description

PKNOTSRG est un outil pour les structures secondaires de l'ARN repliées, y compris la classe de pseudoknots simples récursifs. Le programme fonctionne dans l'espace O (N ^ 4) Heure et O (N ^ 2) Space, donc son application ici sur le Bibiserv est limitée à des séquences de longueur maximale de 800 bases. Les paramètres d'énergie pour les structures ne contenant aucun pseudoknots sont les mêmes que dans le Madfol 3.1. La température de pliage est fixée à 37c. Actuellement, il existe trois modes différents disponibles: PKNOTSRG-MFE: Calcule la structure de S (noué ou non) d'énergie libre minimale. PKNOTSRG-ENF: applique un pseudoknot: il offre la structure complète dynamique de S de S qui comprend au moins un pseudoknot quelque part. PKNOTSRG-LOC: fournit le meilleur pseudoknot local qui peut être un élément de toute structure de S, où "meilleur" est défini par une énergie libre par nucléotide. Le reste de S reste déplié Obtenez PKNOTSRG et prenez-le pour un tour pour voir ce qu'il peut faire pour vous!

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