mmass Plusieurs modules et outils pour la manipulation de la séquence de protéines et l'interprétation de spectre de masse
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mmass Classement & Résumé

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Analyse téléspectateur l'analyse des données Interprétation de l'image interprétation Interprétation astrologique séquence protéique séquence consensus protéique spectrométrique de masse visionneuse de spectre spectrométrique Analyser la séquence de protéines Générer le logo de séquence de protéines Séquence de protéine Logo Creator Voir le logo de séquence de protéines Comparer la séquence de protéines voir la séquence protéique Visualisation de la séquence de protéines Télécharger la séquence de protéines déchargeur de séquences de protéines Séquence de protéine Aligner la séquence protéique l'alignement de séquences de protéines spectre de masse

mmass La description

Le programme MMASS présente un ensemble multi-plate-forme open source d'outils simples pour une analyse de données spectrométrique de masse. L'application MMASS consiste en plusieurs modules et outils pour la manipulation de la séquence de protéines et l'interprétation de spectre de masse avec l'accent sur les tâches protéomiques courantes. Caractéristiques principales: Support de format multiple: MMASS prend en charge plusieurs formats de spectrométrie de masse, tels que mzdata et mzxml. Les spectres de masse ou les données de pointe peuvent également être facilement importés à partir de fichiers ASCII simples constitués de deux colonnes (valeurs m / z et valeurs d'intensité) séparées par un onglet, un espace, une virgule ou un point-virgule. De plus, il existe un support pour les données natives des instruments de Bruker Daltonic Flex Series. L'une des caractéristiques populaires de MMASS est la possibilité d'ouvrir un document vierge et de créer manuellement une pente. Cette fonctionnalité est particulièrement utile dans les cas où une image de spectre ou une liste imprimée de pics marqués est disponible uniquement. Traitement des données: Enfin, il existe des fonctions de traitement telles que la cueillette de pointe automatique, le désisotopage, la correction de base et le lissage. Étalonnage: Deux méthodes sont disponibles pour la recalibrage des données. L'étalonnage interne est la méthode d'étalonnage classique utilisant des valeurs de référence internes. Une liste étendue des valeurs de référence internes est disponible et de nouvelles valeurs peuvent être facilement ajoutées. Calibrage statistique, parfois appelé auto-étalonnage, est une méthode spéciale disponible pour les spectres de masse peptide. Pour les deux méthodes, le raccord linéaire ou quadratique peut être utilisé. Outils de séquence: MMASS fournit un éditeur de séquence interne, qui peut être utilisé pour effectuer une séquence protéique ou peptide disponible pour d'autres modules. Toute modification peut être appliquée sous forme fixe ou variable. L'outil Protéin Digest peut être utilisé pour générer une liste de peptides résultant de la digestion enzymatique ou chimique silico de la séquence de protéines spécifiée. De même, l'outil de fragmentation peptidique génère une liste de fragments de peptide courants. Dans les deux cas, toutes les combinaisons possibles de modifications variables sont calculées et le résultat peut être facilement comparé aux données mesurées. De plus, la séquence peut être recherchée par une masse peptidique spécifique par l'outil de recherche de séquence pour identifier le clivage non spécifique, etc. Calculateur de masse L'outil de calcul de masse peut être utilisé pour simuler le motif isotopique de formule donnée et un spectre de profil généré peut être facilement comparé à des données réelles. Recherche de composée: L'outil de recherche composé de peut être utilisé pour rechercher n'importe quel composé spécifié par l'utilisateur dans le spectre. Chaque composé est spécifié sous forme de formule moléculaire, donc une masse monoïsotopique ou moyenne peut être la recherche avec n'importe quelle charge. De plus, certains adduits peuvent également être recherchés. Différences de pointe: L'interprétation des spectres de masse implique généralement une vérification apparemment jamais finale des différences entre tous les pics dans un spectre. Cependant, l'outil de crête de différences est capable de générer simplement une table de toutes les différences entre les pics de la pommeau. Ce tableau peut ensuite être utilisé pour comparer automatiquement, dans une tolérance spécifiée, chaque différence avec les masses respectives de tous les acides aminés, des dipeptides calculés ou une valeur de masse spécifiée. Mascotte Recherche: Bien que la spectrométrie de masse soit un outil très populaire pour l'identification des protéines, il ne serait pas possible sans les outils disponibles au public en ligne. MMASS fournit une interface permettant d'envoyer des données directement aux trois outils principaux disponibles sur le site Web de mascotte; Empreinte de masse de masse de peptide, requête de séquence et recherche MS / MS ion.

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