Vllg calculer et visualiser des graphiques protéiques
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VPLG ou la visualisation des graphiques de protéine-ligand est un outil qui utilise un modèle à base de graphes pour décrire la structure des protéines sur le niveau de structure super secondaire. Un graphique protéique-ligand est calculé à partir des coordonnées atomiques dans un fichier PDB et des affectations de structure secondaire de l'algorithme DSSP. Dans ce graphique, les sommets représentent des éléments de structure secondaire (SSE, par ex. Généralement des hélices alpha et des draps bêta) ou des molécules de ligand tandis que les bords modélisent les contacts et les relations spatiales entre elles. VPLG est écrit en Java en utilisant la bibliothèque Apache Batik pour SVG Sortie et peut exécuter plusieurs plates-formes. Caractéristiques principales: lit les données Atom 3 dimensions des fichiers PDB et des affectations de structure secondaire à partir de fichiers DSSP calcule un graphe protéique-ligand à partir des données et visualise le graphique prend en charge la sortie des images graphiques dans les formats Bitmap (.png) et Vector (.svg) exporte des graphiques de protéines-ligand dans un fichier texte brut dans son propre format (.plg) facile à éditer, analyser et générer avec un programme informatique peut lire et visualiser directement des graphiques protéiques à partir de fichiers .plg -plg

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