Tagsorter TAGSORTER est un programme de base de données conçu pour simplifier la classement, le tri, la comparaison et l'identification des séquences de balises de sauge.
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Tagsorter Classement & Résumé

Tagsorter Mots clés

étiqueter base de données gestionnaire de base de données trieur extension de sauge Collation

Tagsorter La description

Tagsorter est un programme de base de données conçu pour simplifier la classement, le tri, la comparaison et l'identification des séquences de balises de sauge. L'analyse en série de l'expression de gènes (Sage) est une technique de placement élevé pour mesurer des profils d'expression de gène (VelculesCu et al, 1995). Il révèle à la fois l'identité des transcriptions exprimées et leur abondance relative. Il peut également être utilisé comme moyen de découverte de gènes. L'utilisation de Sage a régulièrement augmenté depuis son invention en 1995 et les profils d'expression génique ont été générés à partir d'une variété de tissus et d'organismes. Un bref aperçu de la technique de sauge est la suivante. L'ARN de messagerie est récolté à partir du tissu expérimental et est converti en ADNc double brin de telle sorte que la queue de Polya de chaque message soit étiquetée de la biotine. Cet ADNc est digéré avec l'enzyme de restriction NLAIIII et l'utilisation de l'étiquette de biotine Les produits de digestion de 3'-MOST NLAIII sont capturés. Un adaptateur de site de restriction BSMFI est ensuite ligaturé à ces fragments. BSMFI clive ADN à une position environ 14 paires de bases de son site de reconnaissance. Il en résulte des étiquettes de séquence courtes exprimées (EST) à partir d'une position définie dans chacune des transcriptions d'ARNm présentes dans le tissu d'origine. Ces fragments sont ensuite ligaturés ensemble pour former un concatemère d'EST qui sont clonés dans un vecteur plasmide standard et séquencé. Chaque clone peut contenir des étiquettes d'identification pour une hausse de soixante transcriptions d'ARNm. Étant donné que la position relative de chaque balise est connue et se compose de 10 paires de bases de séquence nouvelle, une fois que le site NLAIII est exclu, d'identifier de manière unique la transcription de l'ARNm à partir desquelles ils ont été générés.

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