Système minimal Collection d'utilitaires GNU qui permet la construction d'applications et de programmes
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Un malentendu courant est que MSYS est "UNIX sous Windows", MSYS en elle-même ne contient pas de compilateur ou une bibliothèque C, ne donne donc pas à la possibilité de passer de manière magiquement des programmes UNIX de port par magie à Windows et ne fournit aucune fonctionnalité spécifique Unix comme des noms de fichiers sensibles à la casse. Les utilisateurs recherchant une telle fonctionnalité devraient plutôt se tourner vers Cygwin ou Microsoft's Interix. Pour créer une application de MSYS (par opposition à l'utilisation de MSYS), les utilisateurs devront installer la chaîne d'outils HSYS. Il contient des en-têtes et des bibliothèques pour HSYS avec une version patchée de GCC et de Binutils. Un exemple construirait une bibliothèque utilisant le système de construction d'AutoTools. Les utilisateurs vont généralement fonctionner "./configure" puis "faire" pour le construire. Le script de coquille Configurer nécessite un interprète de script de shell qui n'est pas présent sur les systèmes Windows, mais fournis par HSYS.

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