Sweblast divise une séquence de requête ou des séquences
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Sweblast Classement & Résumé

Sweblast Mots clés

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Sweblast La description

Sweblast (Fenêtre coulissante Blast basé sur la fenêtre) est un programme de ligne de commande écrit en Perl pour une utilisation sur Windows, Linux et Mac. Le composant principal de Sweblast.pl, divisera une séquence de requête, ou des séquences, fournies dans un format FASTA, en une série de sous-préquédances de la longueur et de chevauchement choisies et les envoie successivement à la facilité de souffle de Genbank. Les résultats de la recherche sont rassemblés dans un seul fichier, blast.txt, dans un sous-dossier. Ceci est analysé par le second composant, sweblast_parser.pl et les résultats mis dans un sous-dossier sous forme de série de fichiers CSV à examiner à l'aide d'un programme de tableur standard, tel que Excel. Pour examiner les arguments ou les options disponibles, on peut exécuter le programme à l'aide de l'option -Help perl sweblast.pl -help -Help ou -h: montrer ce message. -Input ou -i: fichier d'entrée (données). -Output ou -O: Dossier de sortie (facultatif). -Window ou -W: longueur de fenêtre par défaut 100 (facultatif). -step ou -s: Longueur de l'étape - Par défaut 50 (facultatif). -Database ou -D: la base de données GENBANK à rechercher - NR par défaut (facultatif). -Programme ou -P: Programme à utiliser: BlastN, BlastP, blastX - Blast par défaut (facultatif). -Expect ou -e: attendez (facultatif). -entrez ou -q: Entrez Query (facultatif) Commande booléenne pour limiter la recherche d'explosion (E.G. "Virus non pas de pomme de terre Y "). -Parse ou -R: appeler sweblast_parser.pl (facultatif). -Cutoff ou -c: rejette les coups avec une plus grande valeur électronique (facultatif). Ou utilisez le menu interactif en exécutant le programme sans arguments et suivez l'invite: perl sweblast.pl

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