Statalign

Logiciel pour analyse bayésienne des séquences de protéines, d'ADN et d'ARN
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Statalign Classement & Résumé

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  • Rating:
  • Licence:
  • Freeware
  • Nom de l'éditeur:
  • ?dám Novák, István Miklós, Rune Lyngsoe, Jotun Hein
  • Systèmes d'exploitation:
  • Windows All
  • Taille du fichier:
  • 4.8 MB

Statalign Mots clés


Statalign La description

Statalign est une application avancée et open source conçue pour vous permettre d'effectuer une analyse de l'ADN. Des alignements multiples, des arbres phylogénétiques et des paramètres évolutifs sont co-estimés dans un cadre de la chaîne de la chaîne Markov MONTE Carlo, permettant une mesure fiable de la précision des résultats. Cette approche élimine les artefacts communs que les méthodes traditionnelles souffrent, au coût de l'augmentation du temps de calcul. Ces artefacts comprennent la dépendance de la phylogénie construite sur un alignement et un biais probablement (probablement sous-optimal) vers l'arborescence de guidage sur laquelle repose l'alignement. Les modèles de l'analyse permettent de comparer des séquences éloignées évolutionnellement: le modèle de suppression d'insertion TKF92 peut être couplé à un modèle de substitution arbitraire. Une large gamme de modèles de données de nucléotide et d'acide aminé est incluse dans l'emballage et le système de gestion du plug-in garantit que de nouveaux modèles peuvent être facilement ajoutés.


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