Simlipid Un outil informatique complet pour caractériser les lipides à l'aide de précurseurs et de données d'ions produits de ...
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Simlipid Classement & Résumé

Simlipid Mots clés

identificateur analyse structurelle informatique

Simlipid La description

SimLipid, un logiciel d'identification des lipides, des analyses MS lipides, des données MS / MS et MSE pour lipides et élucidation de la structure correction des intensités de pointe expérimentales pour leur chevauchement isotopique. Le programme accepte MS expérimental, des données MS / MS et MSE (m / z et les valeurs d'intensité) obtenue par spectrométrie de masse dans le texte, MS Excel, mzData, mzXML et Waters format de fichier natif (MSE). Le logiciel permet d'identifier des lipides et de profilage en recherchant des précurseurs contre les structures lipidiques connus disponibles dans la base de données SimLipid. Des informations supplémentaires telles que le lipide ID, abréviation de lipides, nom systématique, la composition et d'autres liens de base de données sont également disponibles pour faciliter la consultation. Prenez SimLipid pour un essai routier pour voir ce qu'il est tout! Caractéristiques principales: Base de données Structure de Lipid robuste: La base de données est SimLipid une grande base de données relationnelle contenant 8 catégories lipides à savoir. Glycérophospholipides, sphingolipides, gras acyles, Glycérolipides, Stérols, Prenols, Saccharolipids et polycétides ayant 21905 espèces lipidiques. D'autres liens de base de données incluent Encyclopédie de Kyoto des gènes et Génomes (KEGG), Base de données métabolome humain (BDMH), entités chimiques d'intérêt biologique (ICCE), PubChem base de données de substances, LIPIDBANK et LIPIDAT. La base de données est continuellement mise à jour. fragments théoriques de lipides dans les catégories à savoir. Glycérophospholipides, Glycérolipides, Prenol Lipides et Saccharolipids sont disponibles ainsi que leurs masses théoriques et des structures de fragment correspondant. Gestion de projet: SimLipid fournit une gestion complète du projet, associant les résultats d'analyse des lipides avec des profils d'entrée et paramètres de recherche. Vous pouvez créer un certain nombre de projets. Les projets peuvent être classés sur la base d'une source, l'objectif de laboratoire ou de recherche. MS Lipid Recherche: SimLipid permet le profilage lipidique en recherchant ion précurseur lipidique par rapport aux structures lipidiques connus disponibles dans la base de données pour SimLipid sphingolipides, des acyles gras, les glycérolipides, les stérols, Prenols, Saccharolipids, polycétides et glycérophospholipides. Les utilisateurs peuvent effectuer MS Lipid Rechercher des données haute résolution avec une tolérance d'erreur inférieure ou égale à 20 ppm ou 2000 milliDalton (mda). supports SimLipid , , , , ions dans le mode d'ions positifs et , , , , et dans le mode ion négatif. SimLipid offre une interface utilisateur intuitive pour effectuer une telle analyse des données des lipides avec facilité. Lipid élucidation de la structure en utilisant MS / MS et MSE données: SimLipid supporte élucidation de la structure des lipides à l'aide de données MS / MS et MSE pour glycérophospholipides, Glycérolipides, Prenol Lipids et Saccharolipids. lipides identifiés sont triés sur la base d'un algorithme de classement innovant qui indique le degré relatif de la proximité des lipides théoriques avec les données expérimentales. les données de masse précises à haute résolution avec une tolérance d'erreur entre 1-20 parties par million (ppm) et de 0,1 à 2000 milliDaltons (MDA) peuvent être analysés. Deux structures tridimensionnelles des lipides identifiés sont également affichés. à haut débit de crête Correction de Isotopique Lipid MS Data: correction d'isotopes d'un profil est l'une des étapes obligatoires pour faciliter la quantification précise des lipides à partir de mélanges biologiques. SimLipid fournit un module pour calculer les pourcentages isotopes à haut débit et à corriger les intensités des pics expérimentales observées pour leurs chevauchements isotopiques. Les valeurs d'intensité corrigées peuvent être exportées dans un tableur compatible .csv et formats de fichier .xls. Les spectres de masse Annotation avec Identifiées Lipides SimLipid peut annoter les spectres de masse avec les lipides identifiés pour MS, MS / MS ainsi que les données MSE. Cela aide à interpréter les spectres de masse en mettant en évidence les valeurs m / z expérimentales qui correspondent à celles des structures lipidiques théoriques de la base de données de produits. Pour une meilleure caractérisation des lipides, chaque pic adapté peut être annotées avec soit le nom du fragment lipidique ou sa formule chimique lipidique correspondant. Les spectres de masse annotée peut être déclarée / redimensionnée soit pour tenir sur une page ou en fonction de la zone d'intérêt. Un utilisateur peut zoomer avant / arrière dans un emplacement de tracé spécifique à l'aide du curseur de la souris ou en spécifiant la plage m / z. En outre, les utilisateurs peuvent exporter les spectres annotés sous forme d'images (dans des formats PNG et JPEG) qui peuvent être inclus dans MS PowerPoint, ce qui facilite le partage d'informations entre les groupes de recherche. Générer un rapport: L'utilisateur peut générer un rapport complet sur le fichier de format compatible avec une feuille de calcul, .xls ou .html fichier de l'analyse des données qui ont été effectuées pour les informations portables de laboratoire, publication ou partage d'informations avec des collègues. Pour chaque module, une interface intuitive permet à un utilisateur de personnaliser les informations qui seraient incluses dans le rapport. Cela peut inclure la masse M / Z, Delta en MDA, PPM ou DA, Valeur d'intensité, Mode d'ion, Abréviation lipidique, ID de lipide et structure moléculaire de la valeur de l'intensité corrigée, après calculer le pourcentage isotopique et / ou les spectres de masse annotés. Recherche de base de données: Vous pouvez également rechercher une structure lipidique d'intérêt par l'abréviation de lipides / le nom commun, la masse, la composition chimique ou l'ID de lipide.

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