Simcoal Simulez la diversité génétique moléculaire avec l'aide de cet outil.
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Simcoal Classement & Résumé

Simcoal Mots clés

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Simcoal La description

Simcoal est une application pratique et facile à utiliser spécialement conçue pour vous aider à simuler la diversité génétique moléculaire dans un nombre arbitraire de populations haploïdes examinées pour un ensemble de loci entièrement liés. Il est basé sur l'approche coalescente rétrospective décrite initialement par Kingman (1982b; 1982a) et clairement exposée dans une série d'autres documents (Ewens 1990; Hudson 1990; Donnelly et Tavaré 1995). L'approche coalescente en arrière ne simule pas l'histoire génétique de l'ensemble de la population, comme dans les simulations en avant conventionnelles, mais reconstruit plutôt la généalogie des gènes d'échantillons d'échantillons de gènes tirés de différents Demes dans une population. Pour les gènes neutres, ce processus de Coalescent dépend essentiellement de l'histoire et de la démographie de la population et est indépendant du processus mutationnel. Ce programme simule des mutations à partir du dernier ancêtre commun (MRCA) de tous les gènes de l'échantillon et ajoutez-les indépendamment sur toutes les branches de la généalogie en supposant un processus uniforme et constant de Poisson. En utilisant cette approche en deux étapes (Coalescentes-mutation), de nombreux réplicats d'échantillons haploïdes de séquences d'ADN, de RFLP ou de données microsatellites peuvent être simulés très rapidement. L'analyse d'un grand nombre d'échantillons simulés permet d'obtenir la distribution empirique de pratiquement toutes statistiques pouvant être dérivées de données génétiques, y compris des statistiques pour lesquelles aucune dérivation analytique n'est disponible (Hudson 1993). Les applications typiques du programme incluent l'étude de l'effet des démographies complexes sur la structure de la diversité génétique à l'intérieur et entre les populations, telles que dans le cas de goulots d'étranglement, de cas complexes de mélange ou de systèmes de métapopulation. Bien que cette application génère des échantillons haploïdes de gènes ou de haplotypes, des données diploïdes peuvent être générées sous l'hypothèse de Hardy-Weinberg Equilibrium en prenant des paires aléatoires d'haplotypes pour former des génotypes diploïdes.

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