Protomol Un cadre pour les simulations de dynamique moléculaire.
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Protomol Classement & Résumé

Protomol Mots clés

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Protomol La description

PROTOMOL est un cadre utile orienté objet, composant basé sur des composants spécialement conçus pour les simulations de dynamique moléculaire (MD). Le cadre prend en charge les champs de force Charmm 19 et 28a2 et est capable de traiter les fichiers de trajectoire PDB, PSF, XYZ et DCD. Il est conçu pour une grande flexibilité, une extension facile et une maintenance, ainsi que des exigences de haute performance, y compris la parallélisation. La technique de plusieurs étapes de temps est utilisée pour améliorer l'efficacité à long terme. L'utilisation d'algorithmes d'évaluation de la force électrostatique rapide comme Ewald, Mesh de particules Ewald (PME) et Mulgridif (Mg) améliore encore les performances. Des marches plus longues sont possibles avec Molly, Langevin Molly et Hybride Monte Carlo, Hoover Nose-Hoover et Langevin Intégrateurs. Caractéristiques principales: Un cadre basé sur un composant orienté objet pour les simulations de dynamique moléculaire conçu pour une grande flexibilité, une extension facile et une maintenance et des demandes de haute performance parallélisation incrémentielle combinant environnement séquentiel et parallèle Soutien des systèmes d'intégration multiple de plusieurs étapes multiples génériques forces génériques et potentiels Algorithmes d'évaluation de la force électrostatique rapide: Sommation Ewald, O (N3 / 2) particule-mesh-ewald, O (n log n) Méthode multi-grille, O (N) Soutien des formats d'E / S communs (pré et post-traitement) 106 Systèmes de particules

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