Prodord Rechercher des fichiers PDB pour des alignements structurels de protéines de candidats
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Prodord Classement & Résumé

Prodord Mots clés

protéine séquence APB Alignement des protéines

Prodord La description

PRODAR, également connu sous le nom de Radar de protéines, est construit comme un outil de recherche qui interroge le PDB pour les alignements structurels candidats. L'entrée à la recherche est une structure de backbone protéique lue à partir d'un fichier PDB standard (texte) et les résultats renvoyés sont basés uniquement sur la similitude structurelle de la colonne vertébrale sans aucune considération d'informations de séquence. Prodar identifie des correspondances partielles, de sorte qu'une section relativement petite de la structure de la requête puisse être assortie contre des sections d'autres structures dans la PDB, quelle que soit la taille relative des chaînes. L'intention est que l'outil identifie automatiquement les domaines et les motifs communs dans des structures de protéines par ailleurs dissemblables. Celles-ci peuvent ensuite être structurellement alignées dans un autre outil pour trouver un RMSD (Prodar fait des suggestions).

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