Prodiguer Paquet Python Open Source pour l'analyse de la dynamique structurelle des protéines
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Paquet Python Open-Source pour analyser la dynamique structurelle des protéines Prody est un package Python gratuit et open source pour analyser la dynamique structurelle des protéines. Il permet une analyse quantitative des ensembles de données structurels expérimentaux hétérogènes et de la comparaison avec la dynamique de conformation prédite théoriquement prédite. Il est conçu et développé par Ahmet Bakan à Bahar Lab à l'Université de Pittsburgh. L'entrée de ProDY est les coordonnées atomiques de la protéine de requête au format de fichier PDB, ou simplement l'ID PDB ou la séquence d'acides aminés à une seule lettre de la protéine. Les analyseurs prodeurs rapides et flexibles sont utilisés pour récupérer le jeu de données correspondant de fichiers PDB à partir du serveur FTP PDB et extraire leurs données de coordonnées et d'autres informations pertinentes. Prody génère les motifs dominants de la variabilité structurelle extraite par analyse de composants principaux (PCA) des jeux de données expérimentaux et les modes normaux décrivant la dynamique intrinsèque des protéines prédites par analyse de mode normale (NMA) basée sur des modèles de réseau élastique (ENMS).

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