Pro rata analyse de protéomiques de fusil de chasse quantitative facilitée.
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Pro rata Classement & Résumé

Pro rata Mots clés

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Pro rata La description

Prorata est une application simple conçue pour automatiser le traitement et l'analyse des données pour la protéomique quantitative de fusil de chasse. La protéomique quantitative du fusil de chasse tente d'estimer l'abondance de protéines dans les cellules de traitement par rapport à leur abondance dans les cellules de référence. Dans de telles expériences, les cellules de référence sont étiquetées avec des isotopes stables via l'étiquetage métabolique, l'étiquetage enzymatique ou l'étiquetage chimique, et sont mélangées avec les cellules de traitement en quantités équivalentes. Après la protéolyse, les échantillons sont analysés avec une spectrométrie de masse en tandem chromatogramme de chromatogramme multidimensionnelle. Les spectres de masse tandem acquis sont utilisés pour identifier la séquence d'acides aminés et les modifications post-translationnelles des peptides protéolytiques. Prorata prend les résultats d'identification des peptides et les données spectrales de masse en entrée. À ce point, Prorata n'acceptera que la sortie du programme Dtaselect comme résultat d'identification et les données spectrales de masse dans le format MZXML. Prorata effectuera toutes les étapes pour estimer les ratios d'abondance des protéines et leurs intervalles de confiance. Ces étapes comprennent: l'extraction des chromatogrammes d'ions sélectionnés, la détection des pics chromatographiques, l'estimation des ratios d'abondance peptidique et l'estimation des ratios d'abondance des protéines. Les résultats de chacune de ces étapes peuvent être vérifiés manuellement via une interface utilisateur graphique de prorata.

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