Pointeur localise les pics (sites de liaison à la cohésine) dans les données de la microharie de la puce de levure
Télécharger maintenant

Pointeur Classement & Résumé

Pointeur Mots clés

Chercheur localisateur modifier la liaison de protocole Afficher la liaison de protocole liaison de protocole Pic Sélectionnez la liaison Fixation de ski Implémenter la liaison Renderman Binding Mécanisme de liaison flexible liaison de données contraignant C ++ à Lua Binding créer une liaison générer une liaison bibliothèque Qt 4 contraignant Liaison .NET ensemble de liaison Screensaver Twin Peaks pics jumeaux Binding API Opencl QT contraignant liaison python localiser le pic trouver le sommet localisateur de pointe Voir les pics chromatographiques Analyse chromatographique des pics Reliure API de base de données pics tri ja Texte Mosaïque Créateur Drop d'acide 1.0 Coupeur de sonnerie N73 télécharger Navigateur tor USB supprimer en toute sécurité Adobe Acrobat5 Serial nero plugin boiteux écrivain php extracteur de fichier nrg Sims3pack Bood Shop Pilote Ethernet universel pilote Bluetooth ivt

Pointeur La description

L'application PeatFinder a été développée pour être un outil qui localise des pics (sites de liaison à la cohésine) dans les données de la puce de levure (chromatine immunopreccipitation). Peakfinder est un outil de visualisation du génome qui recherche des données de ratio de puces pour les "pics". Les pics se trouvent à l'aide d'une courbe lissée pouvant être choisie de manière interactive. La teneur en nucléotide à l'aide d'une fenêtre de déplacement spécifiée peut être affichée avec les résultats de la puce. Le programme est presque générique pour tout génome, mais a toujours quelques paramètres seulement des levures. Fichiers d'entrée: - Fichier Genomeindex.Dat: Les coordonnées racontent l'emplacement de chaque chromosome dans le génome. L'emplacement de Centromere est également spécifié. - Feuille de calcul Excel «Coordonnées de fonctionnalités»: colonnes A, B et C doit être Nom, Coord1, Coord2. Les coordonnées sont des coordonnées du génome pour chaque fonctionnalité. - Feuille de calcul Excel "Ratios" avec des données de micropuce: la colonne A doit être "inamer". Les données du ratio sont supposées être dans la dernière colonne. Les valeurs «inamen» de fonctionnalités doivent être équipées de celles spécifiées dans la feuille de calcul des coordonnées de fonctionnalités. - Répertoire avec séquences nucléotidiques, un fichier pour chaque chromosome. Les données de séquence peuvent être au format FASTA avec une définition de la définition ou simplement un fichier ASCII. Les noms des fichiers doivent être chr * ou chrnn *. Par exemple, chr05.fsa ou chrviii_562639.ascii. Soit "ancien" ou "nouveau" format de fichier de la base de données Génome Saccharomyces est acceptable. - Peakfinder.ini est dans le répertoire C: \ Documents et paramètres \ Paramètres locaux \ Données d'application \ StowersInstitute \ Peakfinder Fichiers de sortie: - La carte est automatiquement placée dans le presse-papiers, si l'option bitmap ou métafile est sélectionnée et peut être immédiatement collé dans une autre application après son affichage. (Décocher la zone de carte d'enregistrement automatique Arrête cet emplacement automatique de la carte dans le presse-papiers). Sinon, appuyez sur le bouton Enregistrer dans la feuille d'onglet Tableau pour enregistrer le graphique dans un fichier GIF spécifié. - Le bouton Enregistrer les pics sur la feuille de poings des pics peut être sélectionné pour enregistrer un fichier pics.csv, qui peut être ouvert dans Excel. - Le bouton "Process ToL" sur la feuille de tabulation RawData entraîne un ensemble de fichiers produites. Spécifiez normalement un nouveau répertoire et il contiendra ces fichiers lorsque le traitement est terminé: ratofilename.dat, ratofilename-chromosomenn.gif (nn = 01 à 16) et ratofilename -ame-pics.csv, où le ratioofilename est le nom du rapport Excel Fichier spécifié sur la feuille d'onglets de données brutes.

Pointeur Logiciels associés