Pgdspider Demande de conversion de données pour connecter la génétique de la population et les programmes de génomique
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Pgdspider Classement & Résumé

Pgdspider Mots clés

Génome population la génétique Génétique de la population

Pgdspider La description

PGDSPider a été construit en utilisant le langage de programmation Java en tant qu'application de conversion pour les programmes de génétique de la population et de génomique. Le logiciel facilite les possibilités d'échange de données entre les programmes d'une vaste gamme de types de données (E.G. ADN, ARN, NGS, Microsatellite, SNP, RFLP, AFLP, des données multi-allèles, une fréquence allèle ou des distances génétiques). Outre les formats de génétique de la population conventionnelle, PGDSPider intègre des formats de données génomique de la population couramment utilisés pour stocker et gérer les données de séquençage de la prochaine génération (NGS). Actuellement, PGDSPider n'est pas destiné à convertir de très grands fichiers NGS en pleine mémoire dans l'ensemble du fichier d'entrée, dont la taille peut dépasser la RAM disponible. Cependant, étant donné que PGDSPider permet de convertir des sous-ensembles spécifiques de ces fichiers NGS en un autre format, on pourrait utiliser cette fonctionnalité pour calculer les paramètres ou les statistiques pour des régions spécifiques et effectuer ainsi une analyse de la fenêtre coulissante sur de grandes régions génomiques.

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