OPSM Miner Fichier ASCII de l'onglet délimité
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OPSM Miner Classement & Résumé

OPSM Miner Mots clés

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OPSM Miner La description

Ce paquet fournit un projet de mineur et d'information OPSM. entrée - TAB DÉPLIMITÉ DIFFICIER ASCII. Les rangées sont des tissus, les colonnes sont des expressions géniques. Une ligne peut contenir une colonne d'en-tête et leur peut être une rangée d'en-tête. En tout état de cause, le nombre de colonnes doit être égal sur toutes les lignes. - une ligne d'en-tête et une colonne peuvent contenir n'importe quelle chaîne, toutes les autres valeurs doivent contenir des nombres. - La taille de la matrice est T (tissus) x g (expressions gènes). algorithmes et drapeaux L'algorithme effectue la comparaison verticale DFS, ce qui signifie que deux expressions géniques sont comparées. - "Utilisez la double comparaison à double comparaison" - pré-construire toutes les paires de vecteurs d'expressions, cela prendrait la taille de GXGXT en mémoire, alors assurez-vous qu'elle puisse correspondre à la mémoire. - "Support" - Le nombre de tissus contenant un motif. Définissez la prise en charge de l'application pour ce nombre minimal de tissus que vous souhaitez contenir le motif que vous recherchez. La définition d'un nombre très élevé donnera très peu de motifs, un nombre très faible - et l'exploitation minière pourrait ne pas finir (nombre exponentiel de motifs). - "longueur min", "longueur maximale" - la taille des motifs que vous recherchez. Définissez «la longueur minimale» afin que l'application ne revienne pas de modèles très courts et non intéressants. Définissez la "longueur maximale" pour réduire l'heure de fonctionnement. - "Erreurs Max" - uniquement pour OPSM avec des erreurs. OPSM recherche des modèles exacts. OPSM avec des erreurs comptent un tissu même s'il contient un nombre x de gènes qui ne correspond pas au motif. - "Max Group Len" - pour OPSM avec des groupes, le motif est comparé entre des groupes de gènes au lieu de gènes uniques. Par exemple, le motif sera: (0,40,60,4) (0,70,8) (0,90,95) - "Max couche diff" - ne vous souvenez pas ... Comment utiliser OPSM avec algorithme de couches Lors de la réglage sur des couches, il devrait y avoir un fichier de définition de couches avec le même nom que le fichier de jeu de données, ajouté avec ".layers". Par example: Saltdat.txt Saltdat.txt.layers Format de fichier - Chaque ligne représente une couche. Chaque couche est une gamme de colonnes: 0-56-10 ... ...

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