Navigateur Logiciel de visualisation des réseaux d'interaction de protéines-protéines.
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Navigator est une application pratique et facile à utiliser spécialement conçue pour vous aider à visualiser et à analyser les réseaux d'interaction protéique-protéine. Navigateur peut interroger Ophid / I2D - Bases de données en ligne des données d'interaction - et des réseaux d'affichage en 2D ou 3D. Pour améliorer l'évolutivité et la performance, Navigator combine Java avec OpenGL pour fournir un système de visualisation 2D / 3D sur plusieurs plates-formes matérielles. Cet outil fournit également des capacités analytiques et prend en charge les formats d'importation et d'exportation standard tels que l'initiative de normes de protéomique (PSI). Caractéristiques principales: Navigator combine un système de visualisation implémenté dans OpenGL avec une interface utilisateur graphique et des algorithmes analytiques implémentés en Java. Networks peut être chargé à partir d'un fichier (formats délimités à l'onglet, Navigator XML, Biopax ou PSI) ou peut être généré de manière dynamique en exécutant une requête visuelle à Ophid / I2D (Base de données interologue Interdiction - une base de données en ligne de connue, HTP et prédites les interactions protéines-protéines pour l'homme, le rat, la souris, la mouche, le ver, la levure) ou le CPath. L'espace de travail Navigator prend en charge plusieurs panneaux de réseau pouvant être manipulés en coupant, copier et coller des nuds et des bords. Les réseaux peuvent être exportés dans les formats de Navigator XML, PSI ou PAJEK, et de multiples formats graphiques (BMP, JPG, TIFF, SVG, PDF). Les réseaux peuvent être visualisés en 2D et 3D. Les nuds peuvent être positionnés à l'aide d'un mélange d'une disposition automatique dirigée par la force et d'un placement manuel. L'un des algorithmes de présentation automatique utilisés est un algorithme de mise en page dirigé à plusieurs niveaux appelé Grip (dessin graphique avec placement intelligent) . En raison de la complexité de temps presque linéaire de l'adhérence, le navigateur peut visualiser des interactomes complets de l'I2D. Sous -Networks hautement interconnectés et nuds qui sont des hubs (c'est-à-dire qui interagissent avec de nombreux autres nuds) peuvent être automatiquement identifiés pour faciliter l'analyse. Les groupes de nuds peuvent être effondrés dans des nuds composites, manuellement ou de manière automatisée. sous-ensembles d'un réseau peut être marqué et manipulé à l'aide d'opérations définies standard, telles que l'union, l'intersection et la différence. L'opacité des nuds et des bords peut être ajustée pour modifier le contraste des éléments du réseau et souligner les éléments sélectionnés.

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