ModelTest Un outil permettant de sélectionner le modèle de substitution de nucléotide le mieux adapté
Télécharger maintenant

ModelTest Classement & Résumé

ModelTest Mots clés

Remplacement d'URL sélection Substitution de texte substitution proportion de nucléotides substitution TRichView Remplacement Cipher Ciphers de substitution de changement de vitesse séquence nucléotidique Directeur de la séquence nucléotidique nucléotide substitution partielle substitution de conduite Substitution monoalphabétique Modèle de substitution nucléotide motif de nucléotide modèle de substitution complexe Substitution de nucléotide Cadre de sélection de modèle vraisemblance hiérarchique annotation nucléotidique Modèle de substitution de l'ADN alignements de nucléotide Modèle d'ADN de substitution Substitution synonyme Substitution non synonyme modèle de substitution polymorphismes nucléotides mutation nucléotidique fraction nucléotidique

ModelTest La description

ModelTest est un logiciel avancé et fiable développé pour servir les ingénieurs de génétique pour déterminer les différences entre les modèles de substitution de l'ADN à l'aide de tests d'hypothèse hiérarchique afin de générer les résultats. Interface de ligne de commande L'application est relativement complexe, car elle est destinée aux utilisateurs expérimentés ayant une solide connaissances de base en génétique ainsi que des ordinateurs, en particulier car il ne fournit pas d'interface interface graphique, en fonctionnement uniquement via l'interface de ligne de commande, qui peut le rendre assez difficile. pour novices. Néanmoins, ModelTest n'exige pas d'installation, il suffit donc aux utilisateurs de déposer le fichier exécutable sur une instance ouverte de l'invite de commande et appuyez sur la touche Entrée, ce qui révélera à son tour les fonctions du programme avec une brève explication des commandes disponibles. fonctions et paramètres d'exécution ModelTest est destiné à fonctionner avec des fichiers générés par Paup * qui contiennent les informations de génétique requises, ainsi que des fichiers qui comprennent des scores de journaux bruts ainsi que des estimations de paramètres pour les modèles évalués. À l'extrémité opposée, l'utilitaire génère une description des tests de ratio de probabilité effectués et de leurs valeurs de P correspondantes, des informations qui sont ensuite interprétées et attribuées à un modèle approprié. Les modèles pris en charge sont répertoriés dans l'interface de ligne de commande, y compris JC (Jukes et Cantor), TRNEF (Tamura-Nei avec des fréquences de base égales), Tim (modèle de transition), GTR (heure générale réversible), F81 (Felsenstein) et plusieurs autres autres . Dans le même temps, les utilisateurs peuvent travailler avec un ensemble spécifique de fonctions, illustrés dans la fenêtre principale afin de les rendre plus faciles à comprendre et à employer. En tant que tel, les utilisateurs peuvent déterminer le niveau de débogage (-D), le niveau alpha (-a), le nombre de taxons (-T), activer le mode calculateur de LRT (-L), déterminer l'intervalle de confiance pour la moyenne de la moyenne (-W) ou utiliser BIC plutôt que AIC pour toutes les opérations futures (-B). Un instrument complet pour déterminer le modèle de substitution approprié Pour conclure, ModelTest est une application efficace développée pour les professionnels travaillant dans le domaine de la génétique, leur offrant les moyens de comparer les modèles de substitution de l'ADN, aidant ainsi les utilisateurs à décider sur lesquels correspond le mieux à leurs données.

ModelTest Logiciels associés