Mesquite est une application modulaire et extensible pour la biologie évolutive, conçue pour aider les biologistes à organiser et à analyser des données comparatives sur les organismes. Son emphase est sur l'analyse phylogénétique, mais certains de ses modules concernent la génétique de la population, tandis que d'autres font une analyse multivariée non phylogénétique. Mesquite possède également de nombreuses fonctionnalités de gestion et de traitement des données, notamment le traitement des chromatogrammes, l'alignement de la séquence, l'édition de données morphométriques et d'autres.
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