Mesa permet de manipuler des jeux de données de manière sophistiquée
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Les phylogénies sont des armes à feu. Une histoire évolutive comporte dans sa forme même des empreintes digitales de chaque processus qui a effectué sa création: des extinctions, des adaptations clés, des radiations, des colonisations, des modifications du tempo et du mode de macroévolution. Malheureusement, l'analyse des phylogénies est difficile. Les calculs d'intérêt pour tout enquêteur sont parfois complexes et intensives de main-d'uvre. Ils sont également souvent dans plusieurs programmes, s'il existe un logiciel de mise en uvre du tout. La signification statistique des résultats nécessite souvent la comparaison de centaines à des milliers d'arbres. Enfin, les métriques peuvent être fragiles au mode d'évolution d'une phylogénie. Le résultat de ces problèmes est que l'analyse phylogénétique est souvent un travail difficile et il est difficile de savoir quoi faire des réponses. L'application MESA a été conçue pour atténuer ces problèmes. Bien que Mesa ne fait vraiment que quatre choses, la grande victoire pour les enquêteurs est que tout cela se trouve dans le seul logiciel et peut être utilisé conjointement avec l'autre, et semi-automatisé. Ainsi, les problèmes de transfert de données entre programmes et corruption éventuelle ou mauvaise imprévation des résultats sont évités. Caractéristiques principales: manipulations: Mesa permet de manipuler des jeux de données de manière sophistiquée. Les traits phylogénétiques et les traits d'histoire de la vie peuvent être édités, dupliqués ou supprimés. Les longueurs de branche peuvent être systématiquement modifiées, les taxons supprimés en fonction des conditions complexes, des traits modifiés à l'échelle mondiale et sélective. L'ensemble du jeu de données peut également être sauvegardé et restauré à tout moment. Analyses: Mesa intègre un grand nombre de calculs pouvant analyser la diversité dans une phylogénie (par exemple la diversité phylogénétique), la diversité entre les communautés (par exemple, l'indice de shannon-weiner), les mesures du processus macroévolutionnaire (par exemple, le déséquilibre Fusco-Cronk) et rassembler des informations sélectivement à travers les taxons (par exemple, SIMULATIONS : Mesa permet de cultiver des phylogénies dans des scénarios sophistiqués où les tarifs de la spécification et d'extinction peuvent être effectués par les traits de la taxa impliqués ou des attributs globaux de la phylogénie. Les simulations peuvent être dormées davantage par des extinctions de masse et l'évolution des traits d'histoire de la vie. Automation: Afin de permettre la production et le test d'un grand nombre de phylogénies, MESA permet aux utilisateurs de construire des chaînes d'actions (manipulations, analyses et simulations) pouvant être exécutées comme une seule unité, en boucle sur des groupes de commandes, sauvegarder et restaurer Les données. Ainsi, on peut facilement générer tester un grand nombre de réplicats pour la validité statistique.

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