Mcrate

Calculez le taux d'évolution relatif avec l'aide de cet outil.
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Mcrate Classement & Résumé

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  • Rating:
  • Licence:
  • Freeware
  • Nom de l'éditeur:
  • Itay Mayrose
  • Systèmes d'exploitation:
  • Windows All
  • Taille du fichier:
  • 411 KB

Mcrate Mots clés


Mcrate La description

Le degré auquel un site aminé-acide est libre de varier est fortement dépendant de son importance structurelle et fonctionnelle. Un acide aminé qui joue un rôle essentiel, tel qu'un sur le site actif de la protéine, il est peu probable de changer de temps évolutif. Par conséquent, la vitesse de l'évolution dans un site d'acides amino-acide est indiquée de la manière dont le site conserve ce site est configuré et permet d'évaluer l'importance de ce site dans le maintien de la structure ou de la fonction de la protéine. Mcrate est un outil pratique et facile à utiliser spécialement conçu pour calculer la vitesse évolutive relative sur chaque site à l'aide d'un modèle évolutif à base probabiliste. Cela permet de prendre en compte le processus stochastique de la séquence sous-jacente à l'évolution des familles protéinées. Plus important encore, MCRAT utilise la méthodologie Markov Chain Carlo (MCMC) pour intégrer sur l'espace de tous les arbres possibles. Par conséquent, Mcrate n'assume pas un arbre phylogénétique préexistant sous lequel les séquences se rapportent. Mcate a été jugée supérieure sur Na? Vez des méthodes qui s'appuient uniquement sur un seul arbre.


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