Mcalign alignement des séquences d'ADN non codant basées sur des modèles explicites d'évolution Indel
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Mcalign Classement & Résumé

Mcalign Mots clés

Aligner séquence aLIGN Séquence d'ADN Alignement de la séquence d'ADN

Mcalign La description

L'alignement fiable de l'ADN non codant est difficile en raison du modèle inconnu d'événements d'insertion / de suppression (Indel). Le nombre de différences de nucléotides (illustrés en rouge) diffère radicalement entre les alignements alternatifs, mais sans autre information, il est impossible de dire qui est plus plausible. McAlign s'attaque à ce problème en alignant des séquences à l'aide d'un modèle explicite d'évolution Indel et trouve l'alignement le plus probable pour une paire de séquences, ou trois séquences de relation phylogénétique. Le modèle Indel Evolution comporte deux paramètres: (1) thêta, les indivies de fréquence par rapport à la fréquence de substitution de nucléotides; (2) W, un vecteur de fréquences relatives d'indes de longueur différente. Les modèles de taxa sont fournis ou un nouveau modèle peut être mis en place par l'utilisateur. McAlign est un programme de Monte Carlo capable d'aligner deux ou trois séquences. Obtenez McALign et essayez d'évaluer pleinement ses capacités!

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