Masschroq Logiciel de quantification de chromatogramme de masse
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Masschroq Classement & Résumé

Masschroq Mots clés

chromatogramme quantification

Masschroq La description

Masschroq est un instrument spécialisé et polyvalent qui effectue des quantifications sur les données obtenues à partir de techniques de spectrométrie de masse de chromatographie liquide (LC-MS). Masschroq peut également être utilisé pour effectuer des alignements, des extractions xic et des détections de pointe. De plus, Masschroq peut être utilisé pour: · Analyser les données obtenues à partir de systèmes de spectromètre à haute et basse résolution; · Analyser les données étiquetées sans étiquette et isotopique (par exemple Silac, ICAT, N-15, C-13, etc.); · Traiter de manière temporelle une grande quantité d'échantillons analysés différemment dans un coup (en regroupant des échantillons similaires et offrant la possibilité de paramétrer l'analyse de chaque groupe). · Prendre en compte des traitements de données complexes comme un fractionnement de peptide ou de protéine avant l'analyse LC-MS (SCX, SDS-Page, etc.); Caractéristiques principales: analyse de formats de données MZXML et MZML LC / MS. quantification de tous les peptides identifiés des échantillons et / ou une liste donnée de valeurs de charge de masse sur charge (m / z) et / ou une liste donnée de (m / z, temps de rétention) paires de valeurs. Les peptides identifiés peuvent être automatiquement intégrés à l'analyse de Masschroq en utilisant notre pipeline X! Tandem (qui effectue l'identification et exporte les résultats du format MasschroqML) ou via les fichiers TSV (Valeurs séparées par l'onglet) contenant les résultats d'identification obtenus à partir d'autres logiciels d'identification . Deux méthodes d'alignement sont disponibles: l'alignement tiers OBI-Warp basé sur les données MS Niveau 1 est intégré à Masschroq et l'alignement de MS2 développé en interne basé sur des informations MS Niveau 2. La quantification de Masschroq est effectuée sur Xics (chromatogrammes d'ions extraits): après extraction et filtrage XIC, les pics sont détectés sur eux en utilisant des transformations morphologiques (voir le manuel d'utilisation pour plus de détails). Les zones de pointe (c'est-à-dire la valeur de quantification) et les limites sont ensuite calculées. La correspondance maximale est effectuée (après l'alignement du cas échéant) comme suit: Un pic détecté est attribué à un peptide identifié si et uniquement si le temps de rétention (aligné) de ce peptide est situé dans les limites maximales. La correspondance maximale dans Masschroq peut être effectuée en deux tours: une première lors de la quantification, et une fois la quantification terminée, l'utilisateur peut effectuer une seconde ronde de correspondance de pointe améliorée, en tenant compte des temps de rétention des pics précédemment assortis. Différents filtres XIC sont disponibles: déplaçant les filtres médians / moyens pour lisser les filtres de signal, d'arrière-plan et d'élimination de bruit de base, filtre anti-pointes pour éliminer les pointes causées par des spectromètres de haute résolution, des filtres morphologiques, etc. L'utilisateur peut exporter des résultats dans les formats TSV, GNUMERIC, XHTML et MASSCHROQML. Ils sont prêts à être utilisés automatiquement dans des logiciels statistiques (comme R) ou pour une exploration manuelle / visuelle. Évaluation de Masschroq sur des données complexes sans étiquette obtenues à la fois à partir de spectromètres de masse à faible et à haute résolution permettait la mesure de CV peu bas pour une reproductibilité technique (1,4%) et des coefficients élevés de corrélation à la quantité de protéines (0,98)

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