L'UEA Small Workbench d'ARN Suite d'outils pour analyser de petites données d'ARN des dispositifs de séquençage de la prochaine génération
Télécharger maintenant

L'UEA Small Workbench d'ARN Classement & Résumé

L'UEA Small Workbench d'ARN Mots clés

L'UEA Small Workbench d'ARN La description

L'UEA Petite RNA Workbench est une application développée pour aider les biologistes à analyser des données SRNA simples ou multiples à partir de plantes et d'animaux. Vous pouvez utiliser cette application pour identifier des points de repère intéressants (tels que la détection de nouvelles séquences de micro-ARN) ou d'autres tâches telles que le profilage de petits schémas d'expression d'ARN dans des données génétiques. Caractéristiques principales: DÉPLOVER DE L'adaptateur: supprime les fragments d'adaptateur de données de séquence de lecture brusque et émet des données sur FASTA FORMAT. Filtre: produit une version filtrée d'un jeu de données SRNA, contrôlée par plusieurs critères définis par l'utilisateur, y compris la longueur de séquence, l'abondance, la complexité, le transfert et l'élimination de l'ARN ribosomique. Mircat (catégorisation de Mirna): prédit les mirnas matures et leurs précurseurs d'un jeu de données SRNA et d'un génome. SILOCO (comparaison de locus d'ARN interférant à court terme): compare les niveaux d'expression SRNA dans plusieurs échantillons en regroupant les SRNS dans LOCI en fonction de l'emplacement génomique. TA-Sirna (ARN interférant à court terme transparent): prédiction des tarnas ta-sirnas phasés dans les jeux de données SRNA de l'usine. MIRPROF (MIRNA PROFiler): détermine les niveaux d'expression normalisés de SRNAS correspondant à des mirnas connus dans Mirbase. Annotation en épingle à cheveux: génère une structure secondaire d'une séquence d'ARN et met en évidence des régions d'intérêt à l'aide de RNAPLOT. Vissr (visualisation des SRNS): générer une représentation visuelle des SRNAS et des caractéristiques génomiques importées par l'utilisateur. Paresnip: Identifier les cibles de mina en évidence à travers le dégradé

L'UEA Small Workbench d'ARN Logiciels associés