JCAT est un outil basé sur Java pratique et facile à utiliser spécialement conçu pour présenter une méthode simple pour adapter l'utilisation du codon aux organismes procaryotes les plus séquencés et les organismes eucaryotes sélectionnés. L'adaptation du codon joue un rôle majeur dans les cas où les gènes étrangers sont exprimés dans des hôtes et l'utilisation du codon de l'hôte diffère de celle de l'organisme où le gène découle de. Les codons non adaptés dans l'hôte peuvent par exemple conduire à un taux d'expression mineur.
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