Hapedit Visionneuse d'assemblage haplotype basé en Java
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Hapedit Classement & Résumé

Hapedit Mots clés

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Hapedit La description

Hapedit est un instrument spécialement conçu pour aider l'utilisateur à évaluer la précision de l'assemblage haplotype. Ceci est fait en utilisant les technologies de séquençage de nouvelle génération. Hapedit est un outil créé à l'aide du langage de programmation Java et peut exécuter plusieurs plates-formes. Caractéristiques principales: Au lieu d'une séquence de consensus haploïde, les segments d'haplotype sont affichés en haut de la fenêtre d'assemblage haplotype. Un score de qualité qui évalue la précision des segments haplotypes assemblés est présenté sous les segments haplotypes. Un nom de lecture est coloré, reflétant la technologie de séquençage utilisée pour la lecture. Les appels de base sont de couleur différentielle en fonction de leurs scores de qualité. Cela facilite un utilisateur pour trouver des appels de base de bonne qualité. En double-cliquant sur une région spécifique dans la fenêtre de navigation de l'assemblage, un utilisateur peut voir la vue détaillée de la région affichée dans la fenêtre d'assemblage Haplotype. Les segments d'haplotype mal assimilés peuvent être cassés en morceaux. La connexion de segments haplotypes confirmés par des données supplémentaires est activé par des opérations simples de la souris. Les taux de composition des technologies de séquençage sont analysés et affichés dans des graphiques à barres. De même, la couverture de séquence et de clone sont également résumées dans des graphiques à tarte.

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