Gnlab Pipeline de calcul pour analyse de réseau de gènes à grande échelle
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Gnlab Classement & Résumé

Gnlab Mots clés

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Gnlab La description

Le nom GNLAB représente le laboratoire virtuel du réseau Gene. GNLAB a été développé pour être un nouvel outil bioinformatique pour l'analyse à grande échelle des réseaux de réglementation des gènes (GRNS). Cet outil de ligne de commande C ++ prend en charge l'analyse de la structure statique et du comportement dynamique d'un Grn. GNLAB est développé pour soutenir la conception et la mise en uvre d'expérimentations informatiques répétables à grande échelle sur les GRN. GNLAB se compose de composants séparables pour la génération de réseau, la simulation, l'analyse, la visualisation, la comparaison et l'inférence. Grâce à l'utilisation d'un script défini par l'utilisateur, ces composants peuvent être canalisés ensemble pour construire un pipeline d'analyse GRN. Chaque composant peut être invoqué par une option de ligne de commande. Caractéristiques principales: Network Generation: Trois modèles de croissance du réseau sont disponibles dans GNLAB. Un réseau aléatoire peut être généré par le modèle ERDOS-RENYI (-R), le modèle sans échelle (-F) ou le modèle Charleston-HO (-g). Le modèle Charleston-HO est un modèle de croissance de réseau nouvellement proposé basé sur des processus bien connus dans l'évolution du génome. Ce modèle est démontré pour capturer la structure topologique détaillée des vrais GRNS (HO et Charleston, en préparation). Visualisation du réseau: GNLAB peut produire des fichiers d'entrée pour GRAPHVIZ, Geomi et CyCapape. Cette fonctionnalité peut être invoquée par l'option de ligne de commande -v. Simulation de réseau : Utilisation de la cinétique de la colline, le modèle d'expression de gène d'un Grn peut être simulé de manière déterministe ou stochaltique. Les données du profil d'expression génique de la série temporelle peuvent être générées en invoquant l'option de ligne de commande -T. Les données simulées sont stockées dans un fichier texte avec une extension ".Data". Trois types de jeux de données de micropuce peuvent être simulés par GNLAB: séries temporelles, perturbation des gènes et jeux de données spécifiques à la condition. Les options de ligne de commande sont utilisées pour appeler une simulation de données de puces. Analyse du réseau La structure statique d'un Grn peut être quantifiée par une collection de fonctionnalités topologiques du réseau. Un ensemble de 11 caractéristiques topologiques est calculé dans GNLAB. Comparaison réseau: La similitude topologique entre deux réseaux avec le même nombre de nuds peut être calculée dans GNLAB. Une comparaison réseau est invoquée via l'option de ligne de commande -c. Un résumé d'une ligne des différences topologiques entre les deux réseaux est émettant sur la console. Inférence du réseau: GNLAB n'effectue pas directement l'inférence de réseau. Cependant, il permet au jeu de données MicroArray qu'il génère d'être converti en format d'entrée d'Aracne et de Banjo. Ce processus est invoqué par l'option de ligne de commande -D.

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