Dnadreree Un logiciel pour une inférence sur la phylogénie basée sur la distance à partir de séquences d'ADN.
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Dnadreree Classement & Résumé

Dnadreree Mots clés

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Dnadreree La description

Dnadretree est conçu pour déduire des arbres phylogénétiques basés sur la distance qui affichent des relations topologiques précises entre les espèces. Plus précisément, Dnadretree effectue plusieurs étapes successives: 1. Il lit les alignements de séquence d'ADN (nucléotides ou codons); 2. Il estime des distances impartiales par paires entre chaque paire de séquences. Pour cet objectif, Dnadretree utilise de nombreuses formules souvent basées sur des modèles évolutifs des modèles ADN ou CODON (voir ici pour plus de détails); 3. Il construit un arbre phylogénétique grâce à quatre algorithmes agglomératifs; 4. Il calcule des mesures statistiques liées aux matrices de distance et / ou aux arbres à base de distance. Néanmoins, Dnadretree n'est pas conçu pour estimer des longueurs de branche robustes; Il est recommandé d'utiliser Fitch (dans le package PHYLIP), FASTME, PHYML ou PAML avec les arbres déduits par DNADISTITEe en tant qu'utilisateur d'utilisateurs pour des estimations plus précises de longueur à distance ou à base de ml. Donnez à Dnadretree un essai de voir ce que c'est vraiment capable de!

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