Dépliant Calcule les arbres phylogénétiques des séquences moléculaires
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Dépliant La description

L'application TREBERFinder calcule des arbres phylogénétiques à partir de séquences moléculaires. Le programme prénère même de grands arbres par une probabilité maximale sous une variété de modèles d'évolution de la séquence. Il accepte les données de nucléotides et d'acides aminés et prend en compte la hétérogénéité des tarifs. Des modèles distincts peuvent être supposés pour des partitions de données définies par l'utilisateur, des tarifs distincts, des longueurs de bord distinctes, des compositions de caractères distinctes. Tous les paramètres peuvent être estimés à partir des données. La recherche d'arborescence peut être guidée par des contraintes topologiques fournies par l'utilisateur et des arbres de démarrage. Il existe un modèle proposant de proposer des modèles appropriés d'évolution de la séquence. La confiance des arbres inférées peut être évaluée par des bottes paramétriques et non paramétriques, divers tests de sites appariés (ELW, BP, KH, SH, SHSH, UR), également en combinaison avec des critères d'information, support de bord par LR-ELW. Il existe des outils pour manipuler les arbres et les données de séquence, visualiser les fréquences de base, calculer un consensus et des arbres à distance, compter des topologies. Les limites de confiance et d'autres statistiques peuvent être obtenues pour tous les résultats numériques. Le programme peut estimer les temps de divergence par le lissage du taux. Une interface utilisateur graphique permet d'utiliser des troncteurs très intuitifs. Les fichiers de données et les paramètres de reconstruction peuvent être choisis de manière interactive, les résultats seront affichés à l'écran. TREBERFINDER est programmable dans le langage de programmation indépendant fonctionnel et fonctionnel TL, qui offre une large gamme de fonctionnalités et permet au chercheur de créer des applications spécifiques à problèmes. Les parties du logiciel sont écrites en TL et peuvent être modifiées par l'utilisateur. Langue de Tborfinder TL est un langage de programmation à usage général avec de nombreux outils spécialisés pour gérer les données biologiques. Il sert d'interface de programmation du programme de transfert. Ce manuel donne un aperçu de TL. Ce qui rend TL différent des autres langages de programmation, c'est qu'il prend en charge une variété de styles de programmation. À tout moment, un programmeur peut choisir le style de programmation qui est le plus puissant dans une situation donnée.

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