Circonférence

outil de création de spectres de contig
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Circonférence Classement & Résumé

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  • Rating:
  • Licence:
  • GPL
  • Nom de l'éditeur:
  • Florent Angly
  • Systèmes d'exploitation:
  • Windows All
  • Taille du fichier:
  • 67 KB

Circonférence Mots clés


Circonférence La description

Circonspect, également connu sous le nom de contrôle de la recherche sur Spectra Contig) afin de générer des spectres de contig basé sur l'assemblage des sous-ensembles aléatoires des métagénomes. Les spectres de contig peuvent ensuite être modélisés en aval pour obtenir des estimations de la diversité (par exemple avec PhRACS). Différents types de spectres de contigres peuvent être créés: le spectre de contig standard pour l'alpha-diversité, le spectre de contig mixte, pour la gamma-la diversité et le spectre croisé, pour la diversité bêta. Construire un spectre croisé cross-contig nécessite de construire un spectre de contig mixte, qui nécessite de construire des spectres de contig physiologiques en fonction de plusieurs métagenomes sélectionnés (FASTA Files). Circonspect utilise une base de données de séquence indexée pour stocker des données temporaires. Tout programme de montage qui supporte une longueur minimale de chevauchement et une similitude est adapté; À ce stade, Minimo, assembleur TIGR, Assembleur LIGR, CAP3 et Newbler sont supportés. Lorsque plusieurs répétitions sont effectuées (bootstrapping), le spectre de contigrum moyen est calculé. L'utilisateur peut contrôler la taille des séquences en les coupant à une longueur donnée et en retirant des séquences plus petites qu'un seuil.


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