Charbon Un petit outil pour la probabilité d'arborescence de gène informatique
Télécharger maintenant

Charbon Classement & Résumé

Charbon Mots clés

formule Topologie gène Calculatrice d'extinction de charbon Croissance de la consommation Extinction de charbon Lie Algebra Tool Lie algèbre arbre génique

Charbon La description

Le programme de charbon a été développé pour être un petit outil pour calculer les probabilités d'arbres génétiques et simuler des arbres de gènes chez les arbres de l'espèce sous le modèle Coalescent. Caractéristiques principales: Calcule des probabilités de topologies d'arbres de gène donnés sur une arborescence d'espèces fixes avec des longueurs de branche spécifiées dans des unités coalescentes (nombre de générations divisées par la taille de la population efficace pour une population diploïde). Les deux arbres sont supposés être bifurciés, bien que des longueurs de branche d'arbre d'espèce puissent être réglées à zéro pour se déplacer. Plusieurs individus (ou zéro) échantillonnés au sein des espèces sont autorisés, mais la notation est spécifique; Les étiquettes pour les individus doivent être le nom de l'espèce suivi d'un trait d'union, puis un numéro. Par exemple, si A est un nom d'espèce, les gènes échantillonnés d'un doit être appelé A-1, A-2, etc. Il existe trois fichiers d'entrée: un fichier d'arbres d'espèce avec des arbres d'espèce dans le format de Newick; un fichier d'arbre génétique, avec des arbres de gènes au format Newick; et un fichier d'entrée avec des commandes comprenant les noms des espèces et des fichiers d'arborescence de gène, le nombre de taxons et des options de sortie. Les options de sortie permettent à des histoires coalescentes d'être répertoriées ou non. Si tel est le cas, des formules symboliques pour les probabilités d'arbre génétique peuvent être données en termes de termes p_ {UV} (voir le papier). Les autres options incluent l'impression de la topologie des arbres génétiques, des probabilités cumulatives informatiques pour les arbres de gènes dans chaque arborescence d'espèces et comptant le nombre d'histoires de Coalescentes. Voir le fichier d'aide pour différentes options. Les gènes peuvent être simulés dans des arbres d'espèces. Actuellement, cela se limite au gène par cas d'espèce et nécessite des tailles de population constantes dans l'arbre d'espèce. Les gènes sont générés afin que les sous-arbres soient tournés de manière unique. Par exemple, si ((a, b), c) est un sous-arbre (C, (A, B)) ne sera pas généré.

Charbon Logiciels associés