Bioimagexd Il s'agit d'un logiciel libre et open source pour analyse et visualisation d'images biomédicales multidimensionnelles
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Bioimagexd Classement & Résumé

Bioimagexd Mots clés

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Bioimagexd La description

BIOIMAGEXD est un package logiciel pour traitement, analyse et visualisation de données d'image multidimensionnelles. Comme le nom l'indique, le logiciel est principalement destiné aux données biologiques, par exemple des images de microscopie confocales de cellules vivantes, mais elle convient parfaitement à travailler avec n'importe quel type de données d'image multidimensionnelles. BIOIMAGEXD a une interface utilisateur simple et intuitive basée sur une seule grande fenêtre et ses opérations ont été conçues pour être cohérentes et fonctionnelles. BIOIMAGEXD proposera des fonctions avancées d'entrée / sortie de fichier et de modes de visualisation multiples (allant de la vue simple en tranches 2D au rendu 3D avancé). Ceux-ci peuvent être combinés librement avec l'un des nombreux modes de tâches (y compris la fusion de canal, l'analyse de la colocalisation, la correction d'intensité et divers filtres pour éliminer le bruit, la segmentation, le suivi, les mesures, etc.). L'animater intégré vous permet de créer des mouvements magnifiques car il a pleinement le contrôle des changements de points de pion de la caméra et des angles de visualisation. Caractéristiques principales: Affichage de l'image: Ouvrir des données dans des formats de microscopie commune (ou des images ou des piles d'images et de séries chronologiques) et affichez l'image de données par image. Traitement de l'image: Ajustez la couleur / la luminosité / contraste / gamma, modifier la couleur ou la palette d'un jeu de données / canal, de filtrer le bruit, correct pour le blanchiment de fluorescence dans les données de la série TIME. Rendu volume 3D: Les jeux de données 3D peuvent être du volume interactif rendu Film Faire: Utilisez le module d'animateur pour configurer un chemin de caméra autour de vos données 3D et effectuez un film de filer à la filature et à vous déplacer si vous faites zoomer comme vous le souhaitez. Les données de la série chronologique sont prises en charge: "Données 4D". Analyse de la colocalisation Nous savons que tous vos biologistes cellulaires utilisant une microscopie confocale sont toujours à la recherche de la colocalisation! Notre outil de colocalisation vous permet d'analyser la colocalisation de l'intensité du signal dans un ensemble de données multi-canaux 3D, en évitant le problème de la fausse colocalisation observée dans des images de projection Z-Stack et effectuez des analyses statistiques qui vous donnent des nombres difficiles sur la quantité et la qualité de colocalisation dans vos données. Utilise des algorithmes similaires à ceux de Imagej, par exemple le plug-in WCIF pour les seuils de colocalisation automatique, en utilisant la méthode des coûts et al. AFM Image Visualisation: La microscopie de la force atomique et les techniques d'imagerie correspondantes rendent des images pouvant être rendues en tant que surfaces 3D. Nous pouvons également ajouter des filtres d'image utiles et similaires. Peut-être avoir une sorte de forme AFM - PDB ou outil de montage de structure / modèle CryOem. Comaprison des images de hauteur de la surface de la cellule avec des jeux de données 3D confocaux. MultiProcesseur, calcul parallèle, clusters et superordinateurs: Dans le cadre du projet FINHPC, nous prévoyons d'activer BIOIMAGEXD d'exécuter un traitement de l'image et d'autres fonctions en parallèle et avec le code vectoriel spécifique de la CPU (moteur Altivec / Velocity sur G4 et G5, et MMX SSE SSE2 SSE2 SSE3 sur ix86), sur le bureau Ordinateurs, clusters, postes de travail, serveurs et super ordinateurs avec une grande mémoire partagée

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