Bibrower Navigateur de génome quantitatif de Berkeley
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Bibrower Classement & Résumé

Bibrower Mots clés

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Bibrower La description

Le nom BBrowser signifie navigateur de génome quantitatif de Berkeley. BQGB Duplique une grande partie de la fonctionnalité d'affichage d'annotation typique d'un navigateur de génome mais en mettant l'accent sur des données personnalisées et quantitatives telles que celle produite dans des études de séquençage à haut débit et d'études d'association à l'échelle du génome. L'application fonctionne localement sur un ordinateur de bureau ou ordinateur portable d'un utilisateur, en évitant le rodage lent des navigateurs de génome Web basé sur le Web. BQGB s'attend à ce que les fichiers de données soient locaux dans le processus d'application et dans un format de fichier tel que GFF, Bed, SGR, Perruque, FASTA ou TOUT FORMAT DE DÉPLIMITÉ DE COLUME qui fournit des emplacements de position de séquence et de paire de base. Cette topographie devrait généralement être plus rapide que celle d'une base de données à distance centrale plus un navigateur Web basé sur le Web lorsque vous travaillez avec de nombreux fichiers personnalisés, c'est-à-dire. Le téléchargement d'une seule annotation de référence à sa machine locale est plus rapide que de télécharger des centaines de fichiers de données personnalisés sur un serveur distant! Les besoins de navigation sont variés et qu'aucun outil de visualisation n'est censé donner un aperçu des différents phénomènes de la génétique moléculaire, des SNP hautement localisées, des éléments de régulation approfondie de la CIS, des relations transtantes qui peuvent même couvrir des espèces très divergentées. Au-delà des visualisations emballées avec BQGB, l'application fournit une API source ouverte destinée à faciliter le travail de développement en cours qui répond à l'évolution des besoins de visualisation et d'exploration de l'enquête génétique moléculaire.

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