Bambe Analyse bayésienne en biologie et évolution moléculaire
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Bambe Classement & Résumé

Bambe Mots clés

biologie biologique la biologie moléculaire Évolution moléculaire estimation bayésienne Bayésien biologie moléculaire Simulateur d'évolution évolution biologie statistique Biologie computationnelle Filets bayésiens Créer un réseau bayésien Support de réseau bayésien liée à la biologie économiseur d'écran biologique aide à la biologie Outil de biologie moléculaire Classificateur naïf bayésien étudier le réseau bayésien simuler l'évolution outil de biologie Analyse moléculaire estimation bayésienne phylogénie Modèles de calcul de biologie Analyse des données de micro-biologie microbiologie Biologie comportementale Éditeur de réseau bayésien Modifier le réseau bayésien biologie cellulaire simulation de biologie alignement bayésien Fondation de biologie Système de biologie Icône de biologie résoudre des filets bayésiens Solveur de filets bayésiens Voir les filets bayésiens Analisie bayésienne Méthode de la méthode bayésienne Méthode bayésienne Analyser le texte de la biologie Visionneuse de biologie Biologie structurelle Analyse bayésienne Analyse des arbres bayésiens Analyse Bayesian MCMC Évolution convergente Outil de biologie évolutive Evolution MKDV filtrage bayesien Free Flash Player Logiciel Keyman AMHARIC logiciel google map musique mobile gratuite logiciel Nokia N73 logiciel JAR Java MP4 gratuit facebook logiciel de chat

Bambe La description

Le nom BAMBE représente une analyse bayésienne en biologie et évolution moléculaire. BAMBE a été développé pour être un logiciel libre pour l'analyse bayésienne de phylogénie. Le package comprend des programmes d'analyse des données d'ADN alignées ou de séquences d'ARN et permet des ensembles de données avec des lacunes ou des sites indéterminés. Le programme principal utilise une variété d'algorithmes de métropole-hastings pour échantillonner de la distribution postérieure commune des arbres phylogénétiques et des paramètres de modèle de vraisemblance. Autres programmes de la distribution Aide à l'analyse des arbres échantillonnés et des valeurs de paramètre. NOTE: Tout le monde est accordé la permission de copier et d'utiliser ce logiciel et la documentation d'accompagnement pour une utilisation académique personnelle Caractéristiques principales: un choix de modèles de vraisemblance. Hky85 (Hasegawa-Kishino-Yano, 1985) F84 (comme implémenté dans la phylip de Felsenstein) TN93 (Tamura-Nei, 1993) Choix d'échantillonneurs de métropole-Hastings pour proposer de nouveaux arbres phylogénétiques (y compris une nouvelle version de distribution bêta à la valeur ajoutée de la section locale). Sampleurs de Metropolis-Hastings pour proposer de nouveaux paramètres de modèle. Le choix des échantillonneurs séparés pour la gravure et l'inférence. Spécification flexible des catégories de sites avec des valeurs de paramètres distinctes pour chaque catégorie de site. Choix d'initialiser la recherche dans un arbre aléatoire, l'arborescence UPGMA, l'arborescence de la jonction voisine ou un arbre défini par l'utilisateur. deux formats (BAMBE et Newick) pour la lecture et l'écriture d'arbres. HTML Aide Fichiers. Surveillance en temps réel graphique de l'arborescence et des paramètres de modèle.

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