Asatures Démontrer saturation dans des séquences de nucléotides
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Asatures Classement & Résumé

Asatures Mots clés

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Asatures La description

La façon habituelle de démontrer saturation dans des séquences nucléotidiques consiste à tracer la fraction des différences entre séquences contre la distance évolutive de les séparer. Lorsque le nombre de différences observées, par exemple pour la fraction des positions de codon troisième, n'augmente plus la distance évolutive croissante, la séquence est dit être saturée. La même technique peut être appliquée aux séquences d'acides aminés (AA). Nous avons développé une application Java appelée Asatutua qui discrimait les substitutions AA avec des probabilités d'occurrence élevées et basses. Tous les remplacements AA sont définis soit «fréquents», soit «rare» en fonction de leurs probabilités de mutation, qui sont déduites des matrices de probabilité de substitution, telles que le puits et le blostum bien connus. Ces 20 matrices de 20 sur 20 fournissent les probabilités dérivées de manière empirique d'un AA étant remplacée par une autre lorsque des séquences ont divergé sur une certaine distance évolutive. L'application Asatura triera toutes les substitutions en fonction de ces probabilités et une valeur de «coupure» de probabilité peut être choisie qui différencie entre les substitutions fréquentes et rares. Pour chaque paire de séquences, le programme parcourt le nombre de remplaçants fréquents et rares observés contre leur distance évolutive. En modifiant la probabilité de substitution de la valeur «Cut-off», le nombre de substitutions AA classées comme fréquentes ou rares peuvent être modifiées. Idéalement, une sélection minutieuse de la valeur «Cut-off» divise les données d'origine définies dans une saturée et insaturée. Outre les matrices de probabilité de substitution les plus largement utilisées, telles que PAM, Blostum, MTRev24 et JTT, des matrices définies par l'utilisateur peuvent également être utilisées.

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