Alignement statistique rapide pour Linux FSA est un algorithme d'alignement de séquence multiple probabiliste.
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Alignement statistique rapide pour Linux Classement & Résumé

Alignement statistique rapide pour Linux Mots clés

Alignement statistique rapide pour Linux La description

Publicité Un alignement statistique rapide pour Linux est un logiciel de maison et d'éducation développé par Robert Bradley. Après notre essai et notre test, le logiciel est prouvé officiel, sécurisé et gratuit. Voici la description officielle de l'alignement statistique rapide pour Linux: La FSA est un algorithme d'alignement de séquence multiple probabiliste qui utilise une approche "à distance" pour aligner les séquences de protéines homologues, d'ARN ou d'ADN. Au grand nombre de méthodes de reconstruction phylogénétiques basées sur la distance, telles que la jonction de voisinage, la phylogénie utilise uniquement des estimations de divergence par paires, la FSA construit un alignement multiple utilisant uniquement des estimations paires d'homologie. Ceci est rendu possible par la technique de recuit de séquence pour la construction d'un alignement multiple à partir de comparaisons paires. La FSA apporte les hautes écuries auparavant disponibles uniquement pour les analyses à petite échelle de protéines ou de RNA aux problèmes à grande échelle, tels que l'alignement des milliers de séquences ou des séquences de mégabase. La FSA introduit plusieurs nouvelles méthodes de construction de meilleurs alignements: La FSA utilise des techniques d'apprentissage machine pour estimer les paramètres de l'écart et de la substitution à la volée pour chaque ensemble de séquences d'entrée. Cette méthode d'alignement «apprentissage spécifique à la requête» rend la FSA très robuste: elle peut produire des alignements supérieurs d'ensembles de séquences homologues qui sont soumises à des contraintes d'évolution très différentes. La FSA est capable d'aligner des centaines ou même des milliers de séquences en utilisant un algorithme d'inférence randomisée afin de réduire le coût de calcul de l'alignement multiple. Cette inférence randomisée peut être supérieure à dix fois plus rapide qu'une approche directe avec peu de perte de précision. La FSA peut rapidement aligner de très longues séquences à l'aide de la technique de «recuit d'ancrage» pour résoudre les ancres et les projeter avec une ancrage transitive. Il suit ensuite l'alignement entre les ancres en utilisant les méthodes décrites ci-dessus. L'interface graphique incluse (écran d'alignement multiple) peut afficher les alignements intermédiaires produits par la FSA, où chaque caractère est coloré en fonction de la probabilité qu'il soit correctement aligné

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