4sle Un outil pour la séquence d'ARN synchrone et l'alignement et l'édition de la structure secondaire
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4sle Classement & Résumé

4sle Mots clés

structure séquence maintenir la base de données Base de données personnalisée ARN Base de données sur les produits Séquence d'ARN éditeur de structure boutique en ligne

4sle La description

Dans l'analyse de la séquence, l'alignement multiple construit le fondement de toutes les analyses de procédure. Les erreurs d'un alignement pourraient fortement influencer toutes les analyses suivantes et pourrait donc conduire à de mauvaises prédictions. Des alignements artisanaux et améliorés à la main sont nécessaires et pendant une bonne pratique courante. Pour les séquences d'ARN, la séquence principale ainsi qu'un consensus de la structure secondaire est bien connue, par exemple la structure de trèfle de l'ARN de T-ARN. Récemment, certains éditeurs d'alignement sont proposés qui sont capables d'inclure et de modéliser les deux types d'informations. Toutefois, avec l'avènement d'une grande quantité de séquences d'ARN fiables ainsi que de leurs structures secondaires résolues (disponibles à partir de par exemple, la base de données ITS2), nous sommes confrontés au problème pour traiter des séquences et leurs structures secondaires associées de manière synchrone. 4Sale remplit cet écart. L'application a été développée pour permettre une séquence rapide et un alignement de la structure secondaire synchrone pour les grands ensembles de données et pour la première édition manuelle synchrone des séquences alignées et leurs structures secondaires. Cette étude décrit un algorithme pour l'alignement synchrone des séquences et leurs structures secondaires associées ainsi que les principales caractéristiques de 4sale utilisées pour d'autres analyses et édition. La 4Sale construit un point de départ optimal et unique pour chaque séquence d'ARN et analyse de la structure. 4sale, qui fournit une interface conviviale et intuitive, est une boîte à outils complète pour l'analyse d'ARN basée sur des informations de séquence et de structure secondaire.

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