2STM est une application basée sur une petite commande de commande, spécialement conçue pour calculer les matrices Markov à partir de jeux de données de caractères à 2 états avec 3 séquences simultanément. Le programme lit les ensembles de données de nucléotides de caractères 4-State et les estimations des trois matrices de Markov de la racine à chaque taxon. 2STM calcule également la variabilité des estimations (bootstrap) et certaines statistiques simples, telles que la composition de caractères nucléotidiques, soit dans 4 états ou 2 états.
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