pknotsrg correspondance pliante et thermodynamique d'ARN
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pknotsrg Classement & Résumé

pknotsrg Mots clés

plier arn Calcul de l'ARN ARN dossier dossier pseudoknot pseudo-nud

pknotsrg La description

Assortiment pliant et thermodynamique d'ARN PKNOTSRG est un outil de ligne de commande gratuit et facile à utiliser pour les structures secondaires d'ARN repliées, y compris la classe de pseudoknots simples récursifs.Les paramètres énergétiques pour les structures ne contenant aucun pseudoknots ne sont les mêmes que dans le Madfol 3.1. L'énergie des pseudokots est calculée avec un modèle similaire à celui utilisé par RivaSeddy dans les pkys. La température de pliage est fixée à 37 ° C50, il existe trois modes différents disponibles: · PKNOTSRG-MFE: Calcule la structure de S (noué ou non) d'énergie libre minimale. · PKNOTSRG-ENF: applique un pseudoknot: il fournit de manière énergique Meilleure structure complète de S qui comprend au moins un pseudoknot quelque part. · PKNOTSRG-LOC: offre le meilleur pseudoknot local qui peut être un élément de toute structure de S, où "meilleur" est défini par une énergie libre par nucléotide. Le reste de S reste déplié. Quoi de neuf dans cette version: · Pas besoin de la bibliothèque de collectionneur des ordures · Mode interactif · Prise en charge de la saisie de fichiers FASTA · Nouvelle option -w: fenêtre coulissante · Nouvelle option: largeur de sortie pour les structures

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