jpredictor Un outil gratuit et polyvalent pour la prévision des éléments réglementaires de la CIS
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Un outil gratuit et polyvalent pour la prévision des éléments réglementaires de la CIS JPRedictor est utilisé pour la définition de motifs, la recherche de séquences, des motifs de pondération à l'aide de jeux d'entraînement et de séquences de notation à l'aide des fragments de séquence de motifs pondérés.short, à savoir les sites de liaison du facteur de transcription, sont connus pour être enrichis et regroupés dans ces éléments. Ces sites de liaison sont représentés comme motifs et pour la prédiction, ils doivent être connus. En utilisant ces motifs, il est possible de les pondérer en appliquant un ensemble d'entraînement positif ou négatif (modèle ou arrière-plan, respectivement), pour les rechercher sur des séquences et marquer une séquence.Gene règle est le processus par lequel un organisme effets spatiaux et différences temporelles dans les niveaux d'expression génique. Connaissance des éléments réglementaires de la CEI Les acteurs clés de la réglementation des gènes sont indispensables pour la compréhension de ce dernier et du développement des organismes. La prédiction est basée sur des grappes de motifs individuels et de combinaisons arbitraires de ceux-ci dans des multi-motifs avec des distances minimales et maximales sélectionnables. Les motifs individuels peuvent être de classes hétérogènes, telles que des motifs de séquence simples ou des matrices de notation spécifiques à la position. Les scores de cluster sont pondérés sur des marchés multi-motifs, où les poids sont dérivés d'ensembles d'entraînement positifs et négatifs. Exigences: · Java 1.5 ou plus tard Quoi de neuf dans cette version: · Ajout du nouveau paramètre 'SearchDirection' pour MultiMotifs définis via des fichiers d'option · Correction d'une erreur avec des motifs à triple et supérieure à plat rapportant quelques hits; Cette erreur s'est produite rarement mais réglementée et ne s'est pas produite pour des doublotifs ou des motifs composites non plats consistant de doubles motifs, tels que (pho-dsp1) - (pho-dsp1)

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