Sam Outils Un format générique flexible pour stocker l'alignement de la séquence nucléotidique
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Sam Outils Classement & Résumé

Sam Outils Mots clés

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Sam Outils La description

Un format générique flexible pour stocker l'alignement de la séquence nucléotidique SAM (Séquence Alignement / Carte) est un format générique flexible pour stocker l'alignement de la séquence nucléotidique. SAM Tools fournit des utilitaires efficaces sur les alignements manipulants au format SAM. Voici quelques caractéristiques essentielles de "Sam Outils": · Est suffisamment flexible pour stocker toutes les informations d'alignement générées par divers programmes d'alignement; · Est suffisamment simple pour être facilement généré par des programmes d'alignement ou converti des formats d'alignement existants; · Est compact en taille de fichier; · Permet la plupart des opérations sur l'alignement de travailler sur un flux sans charger l'ensemble de l'alignement en mémoire; · Permet au fichier d'être indexé par la position génomique pour récupérer efficacement toutes les lectures alignées sur un locus. Quoi de neuf dans cette version: · SamTools est plus cohérent avec la spécification: a) '*' dans le · Le champ de qualité est autorisé; b) le séparateur de champ est uniquement l'onglet et l'espace · Est traité comme un caractère dans un champ; c) L'en-tête vide est autorisé. · Mise en uvre de la prise en charge de GLFV3 dans l'empilement. · Correction d'un bogue sévère dans Fixmate: les informations des brins sont à tort · Écrasé. · Correction d'un bogue dans la récupération d'alignement: alignements Bridging n * 16384bp sont · Non récupéré correctement parfois. · Correction d'un bogue dans RMDUP: SEGFAULT si des lectures incontestées sont présentes. · Déplacer indel_filter.pl à SamTools.pl et améliore le filtrage par · Vérification du nombre réel d'alignements contenant des indèles. L'indel · La ligne d'empilement est également modifiée un peu pour faciliter cette filtration. · Correction d'un bogue mineur dans l'indexation: le nombre de bacs d'une lecture non acquise est · Calculé à tort. · Ajout de la commande `Flagstat 'pour afficher les statistiques sur le champ Drapeau. · Appeleur Indel amélioré en définissant la taille maximale de la fenêtre en local · Réalignement. Modifications des autres utilitaires: · Correction d'un bug dans maq2sam: un nom de balise est obsolète. · Amélioration du WGSIM: a) Support ajouté pour la simulation de lecture solide; · B) Affiche le nombre de substitutions / indivies / erreurs dans le nom de lecture; · C) Nettoyer considérable de code. · Divers convertisseurs: fonctionnalité améliorée en général. · Mise à jour de l'exemple Sam en raison du bogue précédent dans FixMate.

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