SANGLE Un programme Java convivial qui aligne les protéines par séquence et structure 3D
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SANGLE Classement & Résumé

SANGLE Mots clés

protéine aligner La biologie aligner la protéine séquence d'ARNA Annotation des protéines

SANGLE La description

Un programme Java convivial qui aligne les protéines par séquence et structure 3D La sangle est un programme multiplate-forme qui prend en charge l'analyse simultanée de centaines de protéines et intègre la séquence d'acides aminés, la structure 3D et la séquence génomique et d'ARNm, la structure secondaire et l'annotation des résidus. L'alignement peut être exporté et modifié dans MS-Word. Ou d'autres processeurs de texte Le tutoriel inclus apprendra l'utilisation de la sangle en aussi peu qu'une heure. La scriptabilité et l'extensibilité font de la sangle un outil très puissant pour même les utilisateurs les plus avancés. Voici quelques caractéristiques essentielles de "Strap": · Calcul de la séquence Alignements · Calcul de la Wiki: Superpositions 3D (Exemple de sortie) et Structure Alignements multiples de protéines avec PubMed: TM-Align ou CE ou Gangsta + 3D-Superposition. Alignements combinés de la structure de séquence. · Visualisation 3D à l'aide de Wiki: Pymol ou Wiki: JMol ou Rasmol et VMD. En prévision: Yasara mettant en évidence les mutations, wiki: SNPS, wiki: frontières ou régions d'exon-intron avec conservation de séquence élevée en 3D. Sélection croisée instantanée entre des objets 3D, des séquences et des alignements · Wiki: recherche de souffle, y compris "Blast Alert" · Prédiction: wiki: hélices transmembranaires, wiki: structures secondaires et wiki: bobine enroulé · Traduction de séquences de nucléotides aux séquences d'acides aminés. Sortie d'alignements d'acides aminés en tant qu'alignement de nucléotide. · Formats de fichiers protéiques: wiki: swissprot, wiki: PDB, wiki: FASTA, MSF, BiOwiki: Stockholm, wiki: Clustalw, wiki: Nexus, HSSP Wiki: Genbank, EMBL · Arbres phylogénétiques avec VTT, wiki: JALVIEW et GENEBEE · Annotations de résidus et annotations de nucléotides Mise en évidence Wiki: expressions régulières (c'est-à-dire des modèles prosisites) utilisant Wiki: Recherche incrémentielle et Wiki: Caractéristiques de la séquence de Wiki: Serveurs Das: Aider les alignements séquences difficiles dus à la similitude de séquence faible par: · Superposition 3D des atomes C-alpha utilisant CE et TM-Aligner pour mettre en évidence les résidus équivalents spatiaux · Dotplot · Séquences intermédiaires · Alignements de séquence mixte et alignements de la structure de protéines · Wiki: les plugins sont des extensions pour la sangle de développeurs tiers. Exigences: · Java · Compilateurs pour objectif-c et fortran

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